Sweave缓存包

Question

我正在尝试编写一份报告，我的问题是每次编译R都会加载我在报告中使用的包（例如ggplot2、MASS、cubature等）。这非常耗时。有没有一种方法可以缓存这些包？

我发现了cacheSweave，但它不起作用。

这是我在sweave文件中添加的代码块：

<<cacheSweave, eval=TRUE, echo=FALSE, term=FALSE, cache=TRUE>>=
library(cacheSweave) 
 lapply(c("ghyp","MASS","nloptr","cubature","ggplot2"), require, character.only=T)
@

Thanks

- rainer

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加载软件包是cachSweave所谓的“副作用”，无法缓存；如果您使用knitr，我可以指引您前进的方向。 - Yihui Xie

我不知道 knitr，它看起来很有趣。也许我会在这个周末尝试一下！你会如何使用 knitr？谢谢。 - rainer

Answer 1

鉴于您对knitr软件包表现出了兴趣，我花费了一些时间来实现此功能，您可以从https://github.com/yihui/knitr下载开发版本。如我所说，cacheSweave不会保留任何副作用；在CRAN上的当前稳定版本的knitr仅保留打印的副作用，而加载软件包的副作用则保留在GitHub上的开发版本(> =0.3.3)中。当您运行缓存块时，所有软件包名称都将被缓存在一个名为__packages的文件中。下次要重建该块时，在执行该块中的代码之前将加载所有软件包，否则将跳过该块。换句话说，只有在真正需要它们时才会加载软件包。

另一种方法是使用chunk hooks，这不需要您安装开发版本。例如，您可以添加一个名为packages的块选项，并设计一个类似以下内容的chunk hook：

<<setup, include=FALSE, cache=FALSE>>=
knit_hooks$set(packages = function(before, options, envir) {
  if (before) {
    ## load packages before a chunk is executed
    for (p in options$packages) library(p, character.only = TRUE)
  }
})
@

然后您可以使用这个块选项，如下所示：

<<test, packages=c('MASS', 'ggplot2')>>=
qplot(rnorm(100))
@

packages 选项是一个字符向量，其中包含了由上述代码块钩子所使用的包名称。这种方法的缺点是你可能需要为许多代码块指定 packages 向量，而第一种方法是自动的。你可能需要花费几分钟时间了解 knitr 中的代码块钩子的工作原理：http://yihui.name/knitr/hooks

- Yihui Xie

Answer 2

在你的Sweave（rnw）文件中，你没有调用library(cacheSweave)。请考虑以下test.rnw文件：

\documentclass{article}
<<cachedCode,cache=TRUE>>=
#this Sweave block will be cached
@
\begin{document}
\end{document}

然后你可以使用以下命令运行：

require(cacheSweave)
Sweave('test.rnw', driver=cacheSweaveDriver)

- jbryer

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你的陈述是正确的，但并没有回答 OP 的问题（请参见上面 @Yihui 的评论）。 - Ben Bolker