实际上如何开始使用Sweave

Question

我的问题可能比标题所示的更具体。我在Mac OS X上运行R，使用MySQL数据库存储数据。我已经使用Komodo / Sciviews-R工作了一段时间。最近我需要自动生成报告，并研究了Sweave。我想StatET / Eclipse似乎是Sweavers的“标准”解决方案。

1）从Komodo切换到StatET Eclipse是否合理？我之前试过StatET，但因为我太喜欢Komodo中的调用提示/自动建议和更方便的配置而选择了Komodo。

2）生成Sweave文件的合理工作流程是什么？通常我先开发我的R代码，然后再关注报告。今天我才知道，在Sweave中有一个文件同时包含R代码和Latex代码，并且从这个文件创建.tex文档。虽然示例文件看起来很方便，但我真的无法想象如何将我的250多行R代码输入到一个文件中，并与Latex混合。

是否可以将qplot()和ggplot()语句直接输入到此类文档中，并以某种方式源化功能，例如数据库连接和中间结果？

还是只是习惯于Latex和R代码的混合？

感谢任何建议、提示、链接和回归本质的呼声...

- Matt Bannert

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如果你意识到你的问题可能比标题所暗示的更为特定，那么这不就意味着你应该想出一个更好的标题吗？ - Seamus

任何关于标题的帮助都将不胜感激 :) 基本上，我不想将两个相关的问题（与SO一般或甚至R标签有关）分开发布。另一方面，如何总结软件和工作流程问题？ - Matt Bannert

我对Sweave或R的了解不足，无法建议更好的标题。 - Seamus

Answer 1

您提出了几个问题，以下是相应的回答：

StatEt/Eclipse是进行Sweave的正确方法吗？

不一定（注意：我是StatEt/Eclipse的忠实用户，用于纯R、Sweave/R，非常喜欢它，我没有使用过Komodo/sciviews-R）。您应该能够从任何R命令行运行sweave命令，这将生成一个.tex文件。然后，您可以从任何tex环境将.tex文件转换为可读取的内容（如pdf）。

什么是良好的Sweave工作流程？

当我想要将一个r脚本转换为sweave报告时，通常会从空的sweave模板开始，并将整个R脚本复制/粘贴到标题后面的sweave R块中，即：

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>> 
#Insert code here
myTable<-dataframe(...)
myPlot<-qplot(....)
@ 

然后我会浏览并找到想要报告的部分。例如，如果我想将一个表格放入报告中，我会剪切R块并换成xtable块，对于变量和图形也是一样。

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>>=  
#Insert code here
@ 
Put any text I want before my table here, maybe with a \Sexpr{print(variable)} named variable

<<label=myTable, result=Tex>>= 
myTable<-dataframe(...)
print(xtable(mytable,...),...)
@ 
Any text I want before my figure
<label=myplot, result=figure>>= 
myPlot<-qplot(....)
print(qplot)
@ 

- PaulHurleyuk

Answer 2

您可能想查看这些 相关的 SO 帖子。我的其余帖子与您的第二个问题有关。

在使用Sweave创建报告时，我通常将大部分R代码和报告文本分开。如果R代码运行速度很快，那么我更喜欢在.Rnw文件的开头包含以下内容：

<<>>
source('/path/to/script.r')
@

另一方面，如果R代码执行时间很长，我通常会在R脚本末尾添加以下内容：

Sweave('/path/to/report.Rnw'); system('pdflatex report.tex')

这样，我就可以快速重新生成报告，而无需再次运行所有R代码。然后，在Sweave文件中，R需要做的唯一工作就是打印表格，制作图形，可能提取一些图像。

- nullglob

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+1 :)。第一个建议听起来合理，即使没有尝试也是如此。不太明白第二个建议，但希望在尝试后能够理解。可能也是因为我目前只手动调用.tex渲染（使用texshop）。 - Matt Bannert

Answer 3

像 nullglob 一样，我更喜欢将 R 和 Sweave 文件分开，但我更喜欢使用 save.image() 而不是 source() 文件来保存工作区。这样可以避免在每个 .Rnw 文件编译时运行 R 计算（我总是对排版进行调整，而不是想要的那样）。

我的一般工作流程是在自己的文件夹中使用自己的 R 文件进行每个论文/项目。当计算部分“完成”时，我使用 save.image() 将所有工作区变量存储为原样。

然后，在同一目录中的 .Rnw 文件中，我使用 setwd() 设置工作目录，并使用 load(".Rdata") 加载所有变量。当然，您可以更改用于工作区的名称，但我每个文件夹使用一个工作区并保留默认名称。哦，如果您修改了 R 文件，请确保保存工作区图像，并注意在工作区和 .Rnw 文件中存在但不再是 R 文件的一部分的变量... 这就是 save.image() 方法可能会引起一些麻烦的地方。

我使用 Mac，如果您有点小技术，我建议使用 TextMate，如果您真的很懂，那么使用 emacs/ess。我使用 vim 和命令行 R，但大多数情况下 emacs/ess 对于大多数人来说效果最好。如果您想长期从事此项工作，我相信您学习 emacs/ess 用于 R、Sweave 和 LaTeX 是不会后悔的。

- Richard Herron

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是的，这是一个长期的问题。我测试了Komodo/sciviews-R、Eclipse/StatET甚至ESS。到目前为止，我没有转向ESS，因为我有一些与我的奇特（瑞士）键盘无关的问题，我不想浪费时间。现在，我很满意Komodo，但不确定备受赞誉的Eclipse/StatET组合是否有助于舒适的Sweave工作流程... - Matt Bannert

好的。无论您选择哪种编辑器或IDE，我建议使用save.image()和load(".Rdata")，而不是source()。我发现这在编辑阶段可以节省很多时间。尝试使用一个只需要10秒钟运行的R文件进行两种方式的尝试，您很快就会看到优势。 - Richard Herron

看看 cacheSweave 包 - 它缓存运行计算的结果，然后跳过代码块，如果它们的内容没有被更新。 - Sharpie

cacheSweave非常酷，提供了save.image()的节省时间的好处，但我几乎确定它需要将所有计算嵌入到.Rnw文件中。你可以用一个只引用R文件的代码块完成吗？ - Richard Herron