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在Sweave中使用R代码

rsweaveliterate-programming
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我有一篇科学论文正在审查中，一名裁判要求我提供R代码作为Sweave文档。我以前从未听说过Sweave，你知道更好的方法吗？非常感谢 :-)
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密切相关：https://dev59.com/I3M_5IYBdhLWcg3wcCrc - Shane
这并不是“你的R代码需要提供为Sweave文档”，因为Sweave会自动将LaTeX和R结合起来。因此，你的论文将成为一个Sweave文档。 - Dirk Eddelbuettel
那么他们的意思是我应该用LaTeX重写整篇论文吗？因为他们明确写道，我应该提供R代码作为Sweave文档。 - Federico Giorgi
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那我希望裁判不会看到这篇帖子 :-D 因为我不会为了他在一周内学会LaTeX。 - Federico Giorgi
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我想借此机会向此论文的裁判致敬 - 要求使用Sweave提交作品非常棒（为了可重复性、易理解性等），即使在这种情况下可能不可能实现。=) （注：Sweave是一种基于LaTeX和R语言的工具，用于生成交互式文档，其中包含代码和输出结果） - Ken Williams
2个回答
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快速搜索谷歌可以找到很多好的资源：

请参见我的回答：Getting R plots into LaTeX?

我个人推荐使用LyX或Eclipse（带有StatET和TeXlipse），虽然有许多编辑LaTeX的选项。

编辑：

如果您的脚本运行时间很长，那么您也可以查看cacheSweave包。

问题在于我的R代码需要运行数天，因此将其嵌入到Sweave中似乎不太合适！ - Federico Giorgi
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有缓存解决方案。听从Shane的建议并搜索一下“Sweave cache”或类似内容。同时也可以在rseek.org上开始搜索。 - Dirk Eddelbuettel
谢谢大家，我会尝试进行缓存。问题是这是一段需要在集群上运行一个月的 R 代码 :-D - Federico Giorgi
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然后不要重新运行它。向他们提供Sweave文档。这并不意味着您需要通过运行代码来实际创建论文，只要代码相同即可。否则，Sweave的输出是LaTeX：通过直接将R代码部分替换为其输出（例如数据表、图表），就像处理常规论文一样，将这些内容直接导入LaTeX中。 - Shane
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在我看来，这似乎是一个非常不寻常的要求。我可以理解裁判员希望您提供可重现的代码，但要求特定格式就有些过分了。我建议您回应并提供您的代码。 Sweave并非学术期刊的标准做法。

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也许应该这样考虑（至少在使用R时）。 - richiemorrisroe
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