Sweave无法加载R软件包

Question

我升级了R到v2.14.0，随着升级，我决定将标准包存储库移动到Dropbox中，以便笔记本电脑和台式机始终保持同步。 我在.Renviron中设置了R_LIBS=/Dropbox/ToolBox/R/packages，当打开Rstudio或R.app（mac）时，我会得到以下命令：

> Sys.getenv("R_LIBS")
[1] "/Dropbox/Toolbox/R/packages"

> .libPaths()
[1] "/Dropbox/Toolbox/R/packages"      
[2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"
[3] "/Applications/RStudio.app/Contents/Resources/R/library

但是当我在.Snw（Textmate + Sweave）中运行相同的命令时，我会得到：

> Sys.getenv("R_LIBS")
[1] ""

> .libPaths()
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"

正如您在上面所看到的，当我从Sweave调用R时，它只会选择标准存储库。我已经创建了Renviron.site，Rprofile.site，阅读了help(Startup)，遵循类似问题q1和q2，但都没有成功。

请问有人能够详细地指导我如何解决这个问题吗？

更新： 当我从R中进行.Snw Sweave时，它会选择所有正确的文件夹。我不确定为什么从textmate完成时会出现不同的情况。

有任何想法吗？

- Altons

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在记录你已经进行的关于R语言中这个有些混淆的方面的研究时加一分。 - Josh O'Brien

你如何启动Sweave可能很重要；这个问题涉及到一个类似的问题，TeXShop做了一些不同于在命令行上运行的事情，因此必须以不同的方式更改正确的环境变量。https://dev59.com/g1vUa4cB1Zd3GeqPuIPT - Aaron left Stack Overflow

Answer 1

感谢Josh的帮助，我意识到问题不在R本身，而是在TextMate中。

由于Sweave和R bundles 的默认选项设置了--vanilla，它们都没有使用我的本地存储库。

以下是我的解决方案：

R Bundle

1. 打开终端并进入$HOME/Library/Application Support/TextMate/Pristine Copy/Bundles文件夹
2. 键入>mate R.tmbundle，这将直接在textmate中打开R bundle
3. 在support文件夹中有一个名为tmR.rb的文件
4. 向下滚动直到找到以下行：stdin, stdout, stderr, pid = my_popen3("R --vanilla --slave --encoding=UTF-8 2>&1")
5. 删除--vanilla选项并保存

Sweave Bundle

1. 在Textmate中，转到Bundles>Bundles Editor>Show Bundles Editor
2. 单击Sweave bundle以展开
3. 进入Sweave，Typset & View并向下滚动，直到看到以下代码：echo -e "setwd('$SW')\nSweave('$TM_FILEPATH')" | R --vanilla --quiet | pre
4. 将--vanilla更改为--save
5. 重新加载bundle

快乐的日子又回来了 :-)

- Altons

Answer 2

尝试在您的"Rprofile.site"文件中添加以下行，该文件位于$R_HOME/etc/中。（这里，$R_HOME是在活动的R会话中运行R.home()返回的目录。）

（您还需要从以下位置删除（可能是暂时的）任何".Rprofile"文件：（a）您的主目录；和（b）当前目录（从中启动R/Sweave）。）

.libPaths(c("/Dropbox/Toolbox/R/packages", 
            .libPaths()))

然后，如果那并没有完全解决问题（但对我来说确实有效），就使用Sweave并将LaTeX应用于一个包含以下代码块的简单.Snw文档。

<<>>=
R.home()
.libPaths()
@

输出应该提供一些有用的提示，以确定问题的来源。

- Josh O'Brien

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我按照你所说的做了，但不幸的是没有起作用。这是上面代码块的输出：R.home() [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources"

.libPaths() [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources/library"

- Altons

这似乎是R.home()的一个奇怪值（尽管在Mac上可能是预期的）。鉴于默认.libPaths()值所指向的目录，我希望看到类似于"/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.14/Resources"的内容。在我的PC上，R.home()返回"C:/R/R-2.14.0"，这是包含R_HOME/library和R_HOME/etc（包含"Rprofile.site"的目录）的目录。 - Josh O'Brien

这似乎与TextMate启动Sweave的位置有关。为了确认这一点，您可以尝试在R会话中使用Sweave（“docName.Snw”）（而不是从命令行运行Sweave或让TextMate启动它）来进行验证。 - Josh O'Brien

Josh，你说得对。当我在R中从内部编织文件时，它可以正确地捕捉到所有内容。所以我想知道，当我在TextMate中编织时发生了什么？ - Altons

其实我也不太清楚，因为这本质上是一个TextMate的问题。至于解决方案，你可以尝试在TextMate运行Sweave时使用作为R.home()目录的目录中放置一个etc/Rprofile.site文件。为了得到他人的帮助，您可以明确地编辑您的问题以表明您所学到的内容。此外，您可以点赞此答案，因为它确实指出了您的问题的来源，正如我所预期的那样 ;) 最后，请务必更新您最终找到的任何解决方案。 - Josh O'Brien