将DICOM转换为TIFF

Question

我刚学习Python，如果我的信息不正确，请谅解。我正在尝试遍历目录并将其中的所有DICOM文件转换为TIFF文件。我已经让搜索功能正常工作，但我很难将图像保存为TIFF格式。我正在使用pydicom库读取DICOM并操纵标头信息。此外，我尝试使用pydicom中的save_as函数保存为TIFF格式，但我更愿意使用PIL中的save函数来正确设置TIFF的压缩。我认为问题在于我无法/不知道如何提取DICOM中的实际图像数据并将其放入新图像中。任何帮助都将不胜感激...干杯！ Python 2.7 PIL 1.1.7 Pydicom 0.9.6

- Masrawy

Answer 1

我之前在网上找到了一个与此相同的问题的答案，虽然我不记得是哪个网站了，但是当我将其应用于我的代码时，我在这里分享给其他人：

 import pylab
 import dicom
 ImageFile=dicom.read_file(<SourceFilePath>) #Path to "*.dcm" file
 pylab.imshow(ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone) #to view image

如果您想保存图像，则可以使用以下方法：

pylab.imsave('<DestinationFilePath>',ImageFile.pixel_array,cmap=pylab.cm.bone)

imsave默认将以.png格式保存图像，但如果支持，您可以在imsave()中指定所需的格式。

希望这对您有用。

- Revati Joshi

Answer 2

如果您知道如何使用PIL将图像数据保存为.tiff，那么这个例子应该可以帮助您从pydicom传递图像数据到PIL（在这里的评论中还有更多信息）。

- Misha Akovantsev

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太好了...我使用了frombuffer命令，它允许我将Dicom像素数据保存为tiff格式。现在，似乎所有像素强度都被反转了。我使用的是“I;16”模式而不是“L”。有没有办法保持强度不变？ - Masrawy

@Masrawy 很抱歉，我现在（至少）无法帮助你。 - Misha Akovantsev

感谢您的帮助，至少让我朝着正确的方向开始了。干杯。 - Masrawy

这是我用来将DICOM保存为TIFF格式的代码：import dicom
import Image meta=dicom.read_file("dicomimage.dcm")
TT=Image.frombuffer("L",imSize,meta.PixelData,"raw","",0,1)
TT.save("testOUTPUT.tiff","TIFF",compression="none") - Masrawy