ggplot2箱线图：显示95％置信区间并移除异常值。

Question

ggplot2箱线图：显示95％置信区间并移除异常值。

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我希望有一个箱线图，它看起来就像下面这个。但是我想呈现（1）95％置信区间和（2）没有离群值，而不是默认值。

95％的置信区间可以表示为（i）扩展框并删除虚线或（ii）只具有均值和虚线，并删除框。如果人们对在这样的图中呈现95％置信区间有其他想法，我很乐意听取建议。最终目标是在同一图上显示多个类别的数据的平均值和置信区间。

set.seed(1234)
df <- data.frame(cond = factor( rep(c("A","B"), each=200) ), 
                   rating = c(rnorm(200),rnorm(200, mean=.8))
ggplot(df, aes(x=cond, y=rating, fill=cond)) + geom_boxplot() + 
    guides(fill=FALSE) + coord_flip()

这里输入图片描述

图片和代码来源: http://www.cookbook-r.com/Graphs/Plotting_distributions_(ggplot2)/

- Dr. Beeblebrox

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这不是一个好主意，因为这不再是一个箱线图，可能会很容易混淆。第一四分位数和第三四分位数可以轻松落在置信区间之外（这是样本大小的函数）- 因此，箱须会被盖住！为什么不直接使用geom_crossbar、geom_errorbar或geom_linerange呢？这实际上就是答案-只需使用不同的geom构建自己的箱线图元素即可。 - Andy W

我同意@AndyW的观点，不应该改变箱线图的基本原理。使用geom_errorbar和geom_violin的组合可能适合您的目的。 - CMichael

@Jaap 不知怎么错过了这个！谢谢提醒。 - Dr. Beeblebrox

2个回答

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您可以通过将大小设置为0来隐藏离群值：

ggplot(df, aes(x=cond, y=rating, fill=cond)) + 
  geom_boxplot(outlier.size = 0) + 
  guides(fill=FALSE) + coord_flip()

您可以使用 stat_summary 函数将均值添加到图表中：

ggplot(df, aes(x=cond, y=rating, fill=cond)) + 
  geom_boxplot(outlier.size = 0) + 
  stat_summary(fun.y="mean", geom="point", shape=23, size=4, fill="white") +
  guides(fill=FALSE) + 
  coord_flip()

- Jaap

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这并未提及置信区间。 - Adam_G

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- brianmearns · Accepted Answer

我使用以下内容显示95%区间。根据我的阅读，这不是箱形图的常见用法，但它并非默认设置，因此您需要清楚地说明图表中显示的内容。

quantiles_95 <- function(x) {
  r <- quantile(x, probs=c(0.05, 0.25, 0.5, 0.75, 0.95))
  names(r) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  r
}

ggplot(df, aes(x=cond, y=rating, fill=cond)) +
    guides(fill=F) +
    coord_flip() +
    stat_summary(fun.data = quantiles_95, geom="boxplot")

不要使用geom_boxplot，而是使用stat_summary与自定义函数，指定要使用的限制：

"ymin" 是下须的下限
"lower" 是下箱的下限
"middle" 是箱子的中间（通常是中位数）
"upper" 是上箱的上限
"ymax" 是上须的上限。

在提供的函数（quantiles_95）中，使用内置的quantile函数和自定义的probs参数。按照给定的方式，须将跨度扩展到您的数据的90％：从底部的5％到上面的95％。箱子将像往常一样跨越中间两个四分位数，从25％到75％。

您可以随时更改自定义函数以选择不同的分位数（甚至不使用分位数），但这需要非常小心。正如评论中指出的那样，当一个人看到箱形图时会有一定的期望。如果您使用相同形状的图表来传达不同的信息，您很可能会让人们感到困惑。

如果您想去掉“whiskers”，将“ymin”设置为“lower”，将“ymax”设置为“upper”。如果您想要所有的“whiskers”而没有“box”，则将“upper”和“lower”都设置为“middle”（或者只使用“geom_errorbars”）。