我想知道是否可以从pairwise.t.test函数中提取t值,因为它只报告p值。我在运行重复测量anova后使用了pairwise.t.test()进行多重比较,该anova报告了显著的主效应。
非常感谢您的帮助!
?pairwise.t.test
)并查看Value
下列出了什么。在这种情况下,它只显示:
类“pairwise.htest”的对象
第二个尝试的方法是获取示例对象并将其分配给一个变量,然后可以运行str(obj)
。以下使用文档中的示例:
attach(airquality)
Month <- factor(Month, labels = month.abb[5:9])
obj <- pairwise.t.test(Ozone, Month)
str(obj)
List of 4
$ method : chr "t tests with pooled SD"
$ data.name : chr "Ozone and Month"
$ p.value : num [1:4, 1:4] 1 0.000264 0.000195 1 NA ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : chr [1:4] "Jun" "Jul" "Aug" "Sep"
.. ..$ : chr [1:4] "May" "Jun" "Jul" "Aug"
$ p.adjust.method: chr "holm"
- attr(*, "class")= chr "pairwise.htest"
不幸的是,这并没有展示我们想要看到的内容(例如类似于$ t.stat
的东西)。
你最后的选择就是查看代码。你可以在命令提示符下输入函数调用而不带括号来获取它:
> pairwise.t.test
function (x, g, p.adjust.method = p.adjust.methods, pool.sd = !paired,
paired = FALSE, alternative = c("two.sided", "less", "greater"),
...)
{
<code omitted>
if (pool.sd) {
<code omitted>
}
}
else {
<code omitted>
compare.levels <- function(i, j) {
xi <- x[as.integer(g) == i]
xj <- x[as.integer(g) == j]
t.test(xi, xj, paired = paired, alternative = alternative,
...)$p.value
}
}
PVAL <- pairwise.table(compare.levels, levels(g), p.adjust.method)
ans <- list(method = METHOD, data.name = DNAME, p.value = PVAL,
p.adjust.method = p.adjust.method)
class(ans) <- "pairwise.htest"
ans
}
compare.levels
,它仅保留基础t检验的p值。因此,对于你的问题直截了当的答案是不行,你不能提取t统计量。