如何（快速）从lme4中的lmer模型中提取t值？

Question

我正在使用一个脚本，调用lme4包的lmer函数数千次（不用担心，之后会对多重比较进行相关修正），希望在单次调用中节省尽可能多的时间。我想从拟合模型中提取t值，最快（计算时间）的方法是什么？我尝试使用summary(model)，但它似乎比调用lmer本身需要更长的时间。是否可以在不使用summary()的情况下从获得的模型中获取t值？

- mmagnuski

Answer 1

回答这个问题的最佳方法是查看 lme4:::summary.merMod 的代码，以确定如何获取所需的部分。以下代码应该可以实现：

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
t.stat <- function(x) fixef(x)/sqrt(diag(vcov(x)))
t.stat(fm1)
##    (Intercept)        Days 
##     36.838311    6.771485 
coef(summary(fm1))[,"t value"]  ## identical

根据您对 lmer 的成千上万次调用中共同的特征，可能存在其他提高计算效率的机会：请参见例如 ?refit 和 ?modular。

（查看 lme4:::summary.merMod 代码并没有发现任何明显耗时的内容：我对能够说明这些计算缓慢的分析结果感兴趣。）

- Ben Bolker

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由于某些原因，我无法使用summary()复制我的初始问题 - 但我已经重写了代码并使用了另一台机器。 对于造成的麻烦，非常抱歉，并感谢您的回复！ - mmagnuski