如何将稀疏矩阵转换为非零元素的索引和值的矩阵

Question

我们可以使用 sparseMatrix 或 spMatrix 从非零元素的索引和值构建稀疏矩阵。是否有任何函数可以将稀疏矩阵转换回所有非零元素的索引和值？例如：

i <- c(1,3,5); j <- c(1,3,4); x <- 1:3
A <- sparseMatrix(i, j, x = x)

B <- sparseToVector(A)
## test case:
identical(B,cbind(i,j,x))

是否有任何函数可以执行与 sparseToVector 类似的工作？

- Julian

Answer 1

你的矩阵A处于稀疏压缩格式（dgCMatrix类）。你可以通过强制转换将其转换为非压缩稀疏格式。

A.nc <- as (A, "dgTMatrix")

或者，在sparseMatrix调用中指定giveCsparse = TRUE。

dgTMatrix的三元组形式基本上包含了您在i、j和x槽中寻找的所有内容，只是使用基于0的偏移进行索引。

> str (A.nc)
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:3] 0 2 4
  ..@ j       : int [1:3] 0 2 3
  ..@ Dim     : int [1:2] 5 4
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : NULL
  .. ..$ : NULL
  ..@ x       : num [1:3] 1 2 3
  ..@ factors : list()

> cbind (i = A.nc@i + 1, j = A.nc@j + 1, x = A.nc@x)
     i j x
[1,] 1 1 1
[2,] 3 3 2
[3,] 5 4 3
> all (cbind (i = A.nc@i + 1, j = A.nc@j + 1, x = A.nc@x) == cbind (i, j, x))
[1] TRUE

- cbeleites unhappy with SX

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@flodel：好吧...好的...我被说服了。 - cbeleites unhappy with SX

你是不是想说 giveCsparse = FALSE？ - flying sheep

Answer 2

summary(A)
# 5 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix", with 3 entries 
#   i j x
# 1 1 1 1
# 2 3 3 2
# 3 5 4 3

你可以轻松地将其传递给 as.data.frame 或 as.matrix：

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sparseToVector <- function(x)as.matrix(summary(x))
B <- sparseToVector(A)
## test case:
identical(B,cbind(i,j,x))
# [1] TRUE

- flodel

Answer 3

使用which和arr.ind：

idx <- which(A != 0, arr.ind=TRUE)
cbind(idx, A[idx])
#      [,1] [,2] [,3]
# [1,]    1    1    1
# [2,]    3    3    2
# [3,]    5    4    3

- Arun