如何在R中制作点密度文氏图？

Question

我有一个蛋白质组学数据集，其中所有蛋白质都在A集合中，部分蛋白质属于B、C和D集合。使用R包eulerr，我能够构建一个维恩图来可视化这些集合的交集。请看这里。

然而，我想到用于生成B、C和D集合的"过滤器"可能会优先过滤掉低强度的蛋白质。为了可视化这一点，我想构建一个点密度维恩图，其中每个点代表一种蛋白质，颜色表示其强度。在R中是否可能绘制这样的图？我发现了一个博客文章介绍了Python中类似的技术，但是我不熟悉这种语言。

- Corey Model

Answer 1

complex-upset提供了在R中创建点密度图的工具（遵循ggplot2方法，详见文档）。

让我们加载并过滤一些数据作为示例：

library(ggplot2)
library(ComplexUpset)
movies = as.data.frame(ggplot2movies::movies)
genres = c('Comedy', 'Drama', 'Action')
movies[genres] = movies[genres] == 1
movies[movies$mpaa == '', 'mpaa'] = NA
movies = na.omit(movies)

首先，您需要整理数据。

movies_subset = head(movies, 300)

movies_subset$good_rating = movies_subset$rating > mean(movies_subset$rating)
arranged = arrange_venn(movies_subset, sets=genres)

然后，你可以使用标准的ggplot2函数和由complex-upset提供的新几何对象进行绘图：geom_venn_region、geom_venn_circle、geom_venn_label_set。

(
    ggplot(arranged)
    + theme_void()
    + coord_fixed()
    + geom_venn_region(movies_subset, sets=genres_subset, alpha=0.2)
    + geom_point(aes(x=x, y=y, color=region), size=1.5)
    + geom_venn_circle(movies_subset, sets=genres_subset, size=2)
    + geom_venn_label_set(movies_subset, sets=genres_subset, aes(label=region), outwards_adjust=2.6)
    + scale_color_venn_mix(movies, sets=genres_subset, guide='none')
    + scale_fill_venn_mix(
          movies, sets=genres_subset,
          guide='none',
          highlight=c('Comedy-Action', 'Drama'),
          inactive_color='white'
      )
)

它还可以注释单个点（以及更多！）

但是这个实现有一些限制:

• 它只支持最多三组
• 在大型数据集（>1000个观察）中进行排列速度较慢
• 通常需要微调排列参数才能获得所需的结果
• 截至撰写本文的当天，最新版本提供了一些次要改进，可以从GitHub安装，但不能从CRAN安装（尚未）。

免责声明：我是ComplexUpset的作者。

- krassowski