Python: 绘制大矩阵的热力图

Question

我有一个大小为500 X 18904的大矩阵。

由于大部分值都是零，颜色条中的零值占据了主导地位，因此我无法清晰地看到模式。

为了更仔细地查看数据，我需要对图像的不同部分进行缩放。是否有可靠的方法使用颜色条来显示这些数据？

以下是我的代码和输出。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import scipy.io as sio
j = sio.loadmat('UV_matrix.mat')
k = j['UV']  
plt.imshow(k, aspect='auto')
plt.show()

输出结果如下图所示：

- Rangooski

---

你能忽略零值并使用最小值（而不是0）进行归一化吗？ - Pedro

尝试直方图均衡化：http://scikit-image.org/docs/dev/auto_examples/plot_equalize.html - Chris Mueller

忽略了零。我只能看到小黑点。 - Rangooski

Answer 1

我可以想到两种使用numpy数组的选项。

1. Assuming your data is mostly higher than zero but there are a lot of zeros.:

   vmin = some_value_higher_than_zero
   plt.matshow(k,aspect='auto',vmin=vmin)
   

2. Setting all zeros to NaNs. they are automatically left out.

   k[k==0.0]=np.nan
   plt.matshow(k,aspect='auto')
   

注意：imshow和matshow在此处均可使用。

另一个选择是当您的矩阵非常稀疏时，可以使用散点图。

x,y = k.nonzero()
plt.scatter(x,y,s=100,c=k[x,y]) #color as the values in k matrix

- JLT

---

以防有人在这里寻求解决使用稀疏时间的图表问题，请对时间使用.values转换为浮点数，然后会自动转换为日期。(似乎输入参数x和y需要是相同的类型) - Worthy7