Enthought Python、Sage或其他（在Unix集群中）

Question

我可以访问一组Unix机器，但它们没有我需要的软件（numpy, scipy, matplotlib等），所以我必须自己安装它们（我也没有root权限，因此命令如apt-get或yast无法使用）。

在最坏的情况下，我将不得不从源代码编译它们。有更好的方法吗？我听说过Enthought Python和Sage，但不确定最佳方法是什么。

有任何建议吗？

- vailen

Answer 1

EPD（Enthought Python Distribution）非常好用，但即使是对于学术界，你也只能免费获取32位版本。如果你想进行任何内存密集型操作，EPD并不是一个真正的选择。

编辑：现在情况已经改变，64位版本可以免费供学术/教育使用。

另一方面，Intel MLK库确实有所不同，并且它包含了很多巧妙的东西（例如最新版本的mayavi），否则从源代码构建可能会非常麻烦。此外，正如其他人所说，你只需将其解压缩到家目录中并运行即可。你不需要root访问权限。

如果你永远不需要使用超过2GB的内存，那么EPD绝对是一个很好的选择，但你必须支付费用才能获得64位版本。

如果你正在使用Windows，Python(x,y)非常好用，但如果你使用Linux，则很难找到预编译的二进制文件。它们几乎已不存在... Ubuntu存储库似乎永久关闭了，我也不知道还有哪里可以获取预编译的tarball。这可能会在不久的将来发生改变...希望它会成为你的一个好选择！

老实说，如果你只需要numpy、scipy和matplotlib，它们相对容易从源代码构建（特别是如果你可以不使用scipy），并且你可以始终构建自己的Python解释器，然后使用easy_install来避免从源代码构建它们。当然，这假定基本的构建环境（gcc等）已经安装在你正在使用的机器上...这就是我在你的情况下所做的...

如果你选择了这条路，最好下载Python源代码并构建自己的Python解释器，然后安装setuptools并使用easy_install安装其余部分。（或者，你可以下载numpy等的源代码，并在你刚刚构建的Python解释器中构建和安装它们。）

这展示了如何在当前工作目录下的名为“pythondist”的目录中构建基础内容（python、numpy、scipy、matplotlib、ipython）的基本思路。

#! /bin/sh

builddir=$(pwd)/pythondist
mkdir -p $builddir/source
cd $builddir/source

wget 'http://python.org/ftp/python/2.6.5/Python-2.6.5.tgz'
wget 'http://pypi.python.org/packages/source/s/setuptools/setuptools-0.6c11.tar.gz#md5=7df2a529a074f613b509fb44feefe74e'
tar -xvzf Python-2.6.5.tgz

# Build python
cd $builddir/source/Python-2.6.5/

# The --prefix argument is the key!
./configure --prefix=$builddir

# Be sure to speed things up with the -j option if you're 
# on a multicore machine (e.g. make -j 4 build for a quadcore)
make build 
make install

# Now install setuptools
cd $builddir/source
tar -xvzf setuptools-0.6c11.tar.gz
cd setuptools-0.6c11/

# The next key is to call this with the python you just built!
$builddir/bin/python setup.py build
$builddir/bin/python setup.py install

# Now just install numpy, scipy, ipython, matplotlib, etc through easy_install
$builddir/bin/easy_install numpy
$builddir/bin/easy_install scipy
$builddir/bin/easy_install matplotlib
$builddir/bin/easy_install ipython

编辑：脚本中有些小错误。如果numpy或scipy无法从egg安装，请查看安装说明。

此脚本主要用于演示在您的主目录中构建独立的Python，并假定您正在构建系统已经安装了正确的依赖项，但它至少可以指引您朝着正确的方向前进。

如果使用easy_install无法正确构建numpy或scipy，请下载源代码tarballs并尝试使用不同的参数进行构建。(我个人的经验是，Numpy/Scipy的setup.py自动检测错误的Fortran编译器是一个常见问题) 例如：

cd $builddir/source
wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.4.1/numpy-1.4.1.tar.gz/download
tar -xvzf numpy-1.4.1.tar.gz
cd numpy-1.4.1/
# If you don't specify an action (e.g. "build") this will enter an interactive
# mode to help diagnose problems... See the INSTALL.txt file, too!
$builddir/bin/python setup.py 

例如，在我的OpenSUSE 11.2系统上，我需要在构建numpy和scipy时指定“--fcompiler = gnu95”，因为我安装了g77和gfortran。否则，构建过程将无法正确进行。

然而，在较旧的RHEL 3系统上，它可以通过easy_install完美地构建。当然，你的情况可能不同。祝好运！

- Joe Kington

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Joe，也许这是一篇旧帖子，但现在EPD 64位版本已经可以免费用于学术目的。支持Linux、Windows和OSX操作系统。 - gozzilli

你说得完全正确，谢谢！在我最初发布帖子的时候，它并不是直接可用的（或者说，需要通过一些注册步骤使用.edu电子邮件地址才能使用，但当时我并不知道）。他们后来改变了这种情况，使其更加直接可用，我应该很久以前就更新了这个答案。 - Joe Kington

我这个学期在OSX上使用的是EPD 64位。运行得非常好！ - David Poole

Answer 2

如果您是学术人员，可以免费使用Enthought发行版 （链接）。它带有自己的安装程序并为您处理安装。这比自己从头开始安装matplotlib等要容易得多。在安装机器上没有管理员访问权限的要求，因为该分发版提供了自己的Python二进制文件。我使用过它，发现它简单方便。

- ire_and_curses

Answer 3

基于价格因素，我个人会选择Sage。主要问题在于确保您使用Python安装程序来访问库，而不管您使用哪种Python套件。

- John Percival Hackworth

Answer 4

Python(x,y) 是一个免费的 Python 发行版，类似于 EPD (Enthought Python Distribution)。虽然两者都包含基本的标准库，但存在一些差异，所以您应该找出哪个更适合您的需求。EPD 的一个有趣方面是它最近采用了Intel MKL 库，因此可能比 pythonxy 和标准的 numpy 安装程序具有性能优势。

我不知道这些发行版在没有管理员权限的 Unix 系统上如何工作，这是您可能需要尝试的事情。

Sage 则不专注于成为一个发行版（请参见维基百科页面），因此无法进行比较。

- nikow

Answer 5

SageMath是完全免费（GPL兼容）的，该项目的三个主要目标之一是成为自包含的开源数学软件发行版，尽管它体积很大，但易于从源代码（或二进制文件）安装。您应该能够设置Sage或Sage中的任何其他内容（例如Web笔记本），而无需root访问。

- William Stein

Answer 6

我每天都使用Sage。我是一个忠实的粉丝，但如果你没有准备好进行大量的更新、调整和配置，我不会推荐它。它还没有准备好面向主流市场。

如果你愿意付出努力来让它运行并保持运行状态，那么Web笔记本界面是非常棒的。但我想象不出你能在没有root权限的情况下让它运行起来。

- ptomato

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由于Sage包含一个Web服务器，因此可以在没有root访问权限的情况下使笔记本工作：在Sage提示符处键入“notebook（）”。对于更复杂的安装，请键入“notebook？”并阅读文档。 - William Stein

@William，很高兴在Stack Overflow上见到你。我记得我需要调整大量Web服务器配置才能让Sage在系统Web服务器上运行，这样我才能从Windows机器上访问它，而且直到我设法获得该机器的root权限之前，这一点非常困难。尽管那是一年半以前的事了，所以也许情况已经有所改变。答案不再最新了，这是downvote的原因吗？ - ptomato

Answer 7

您可以使用virtualenv创建虚拟隔离环境，无需任何访问权限，然后调用easy_install自动安装（如果需要编译）所有所需的库到当前目录中，无需管理员权限。

使用virtualenv安装matplotlib

唯一的条件是能够运行虚拟环境，因为您不能安装任何东西。您将不得不将其作为存档文件下载并手动调用virtualenv.py。

- Bite code