函数中出现“找不到对象”错误：nlmer版本

Question

在过去的几个小时中，我在这里发现了几个关于R脚本的问题。该脚本在函数外部可以正常工作，但是一旦将代码重构为包含函数，则会针对参数返回“找不到对象”的错误。不幸的是，解决这些错误似乎高度依赖于软件包和上下文特定，因此我必须将自己的问题引入nlmer特定问题的争论中。

总之，我想多次运行一个nlmer模型，但每次都使用略有不同的模型规范。我确保模型在任何函数之外按指定方式工作。我编写了一个函数，接受data.table和公式（以字符串形式）并运行该模型，但它返回一个错误，即我的模型公式“未找到”，尽管“model_formula”变量肯定在函数的命名空间中。

示例：

# set up toy dataset
data <- data.table(patient_id=c(rep("pat_1", 10), rep("pat_2", 10), rep("pat_3", 10)),
                   agesero=c(rep(25,10), rep(19, 10), rep(34, 10)))
data$row <- as.numeric(rownames(data))
data[, variable:= ifelse(row%%10==0, "observed_survival", "vl")]
data[, M_visit_time:= ifelse(variable=="vl", row/6 + 0.25, 0)] 
data[, value:= ifelse(variable=="vl", 3 + exp(-4*M_visit_time), row/10 + 2)]
data[, M_agesero:= ifelse(variable=="vl", agesero, 0)]
data[, D_intercept:= ifelse(variable=="observed_survival", 1, 0)]
data[, D_agesero:= ifelse(variable=="observed_survival", agesero, 0)]
data[, row:=NULL]

example_formula <- "value~ModelGradient(time=M_visit_time,b0,b2,b3)~M_agesero + D_intercept + D_agesero + (b0|patient_id)"

#this works, outside of a function:
Model<- ~b0+b2*exp(-b3*time)
ModelGradient<-deriv(Model,namevec=c("b0","b2","b3"),
               function.arg=c("time","b0","b2","b3"))

out<-nlmer(as.formula(example_formula), data=data,
           start = c(b0=3,b2=1,b3=4),
           control=nlmerControl(optimizer="bobyqa", optCtrl=list(maxfun=200000)))

#but when I write a function:
run_nonlin<- function(model_formula, data){
            Model<- ~b0+b2*exp(-b3*time)
            ModelGradient<-deriv(Model,namevec=c("b0","b2","b3"),
                           function.arg=c("time","b0","b2","b3"))

          print(paste("hello I am the model formula and I exist in this namespace! I am:",
         model_formula))
         out<-nlmer(as.formula(model_formula), data=data,
                 start = c(b0=3,b2=1,b3=4),
                 control=nlmerControl(optimizer="bobyqa",
                  optCtrl=list(maxfun=200000)))
           return(out)
}

#and call:
function_output <- run_nonlin(model_formula=example_formula, data=data)

# I get the error: 
# Error in as.formula(model_formula) : object 'model_formula' not found

作为旁注，我在glmer中做了类似的事情，没有遇到问题。

非常感谢任何建议。

（编辑以包括错误消息）

- abertozz

---

当然，抱歉耽搁了。我已经在脚本底部添加了错误文本。它是：“Error in as.formula(model_formula) : object 'model_formula' not found” - abertozz

问题在于as.formula默认在全局环境中运行，而ModelGradient等对象不存在。您需要尝试使用with和设置环境。这很棘手，请参见- https://dev59.com/FGsy5IYBdhLWcg3w8Slc - jeremycg

Answer 1

似乎 nlmer 在解析传递给函数的公式时有一种奇怪的方式。显然，您不能传递未在全局环境中定义的变量。这似乎是因为 nlformula 对作为公式传递的未评估符号调用了 as.formula。这意味着词法作用域用于解析符号，因此它正在搜索 stats 命名空间和全局环境中的 model_formula，而不是由您的函数定义的范围。

一个解决方法是评估该参数，然后通过 do.call() 传递该值，例如：

run_nonlin<- function(model_formula, data){
    Model<- ~b0+b2*exp(-b3*time)
    ModelGradient<-deriv(Model,namevec=c("b0","b2","b3"),
                       function.arg=c("time","b0","b2","b3"))

    out <- do.call('nlmer', list(as.formula(model_formula), 
        data=quote(data),
        start = c(b0=3,b2=1,b3=4),
        control=nlmerControl(optimizer="bobyqa",
        optCtrl=list(maxfun=200000))))

    return(out)
}

- MrFlick