ggplot手动设置颜色渐变的scale_color_gradientn

Question

我有一个像这样的数据框

BP        R2      LOG10
96162057 0.2118000 2.66514431
96162096 0.0124700 0.31749391
96162281 0.0008941 0.07012148
96163560 0.5011000 2.48505399
96163638 0.8702000 3.37778598

我想绘制BP对LOG10的图，并按R2将点着色。 R2是从0到1的连续值。

myplot <- read.cvs("mytable.csv",head=TRUE)
attach(myplot)
ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point() 

到目前为止，一切都很好。然而我希望以手动选择的间隔和颜色来显示R2值，就像这样（如果我有离散值）。

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point() + 
      scale_color_manual(breaks= c("1","0.8","0.6","0.4","0.2","0"), 
                values = c("red","yellow","green","lightblue","darkblue"))
Error: Continuous value supplied to discrete scale

这看起来很漂亮，但我更喜欢自己设置颜色。

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point(shape=1) + 
               scale_colour_gradientn(colours = rainbow(10))

那么，我如何手动选择连续值的间隔（1-0.8、0.8-0.6、0.6-0.4、0.4-0.2、0.2-0），并将它们按自己的喜好着色（红色、黄色、绿色、浅蓝色、深蓝色）？颜色之间的平滑渐变很酷，但不是必须的。

- user2724998

Answer 1

您可以使用scale_colour_gradientn()，然后提供自己的colours=和values=。Values将为每种颜色提供间隔。

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color = R2)) + geom_point() + 
  scale_colour_gradientn(colours = c("red","yellow","green","lightblue","darkblue"),
                         values = c(1.0,0.8,0.6,0.4,0.2,0)) 

- Didzis Elferts

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非常感谢，Didzis，这完全解决了问题！您是否也有一种没有渐变的解决方案，而是所有值从1-0.8 = 红色，0.8-0.6 = 黄色，依此类推？ - user2724998

然后，您应该使用cut()函数将数据分成间隔，并将这些间隔用作离散值。 - Didzis Elferts

如何使这个渐变在六个不同的值之间，但只从蓝色到红色？我想提供“低”和“高”的颜色，中间级别会相应地混合。我谈论的是这个离散版本： scale_color_gradient(low="blue", high="red")。我只能通过自定义函数使其正常工作，但一定有更简单的方法： color.gradient.discrete = function(color.low, color.high, n) { scales::seq_gradient_pal(low=color.low, high=color.high)(seq(0, 1, length.out = n)) } - Mario Reutter

预期的结果如此所示：这里展示了离散颜色渐变。 - Mario Reutter

Answer 2

回复此帖4年后：需要注意的是，“values”将您的变量值映射在0到1之间，其中0表示最低值，1表示最高值。在此示例中，这巧合地符合了变量的值从0到1。

- tjebo

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当然可以！我也遇到了这个问题。请看Camille在https://stackoverflow.com/q/51901813/4606130中的建议。 - micstr

@Tjebo非常好的观点！很幸运我向下滚动并阅读了你的评论！ - mand3rd