安装netCDF4时出现“找不到hdf5库”的错误提示。

Question

我正在尝试在MacOSX上从源代码构建NetCDF4。当我运行./configure时，我收到以下错误：

checking for library containing H5Fflush... no
configure: error: Can't find or link to the hdf5 library. Use --disable-netcdf-4, or     see config.log for errors.

我之前已经安装了hdf5，并设置了以下环境变量：

LDFLAGS=-L/opt/local/lib
CPPFLAGS=-I/opt/local/include

在 /opt/local/lib 目录下，我有以下文件：

libhdf5.8.dylib             
libhdf5.a               
libhdf5.dylib               
libhdf5.settings            
libhdf5_cpp.8.dylib         
libhdf5_cpp.a               
libhdf5_cpp.dylib           
libhdf5_hl.8.dylib          
libhdf5_hl.a                
libhdf5_hl.dylib            
libhdf5_hl_cpp.8.dylib          
libhdf5_hl_cpp.a            
libhdf5_hl_cpp.dylib

我在 /opt/local/include 目录下有以下内容：

hdf5.h      hdf5_hl.h

为什么配置脚本找不到hdf5库？如果需要，我很乐意提供更多信息！

编辑： 我的最终目标是安装netcdf4作为Fortran模块使用。我已经尝试通过MacPorts安装所有内容，看起来似乎可以工作，但当我尝试使用它时，编译器告诉我没有netcdf.mod文件，而且确实无处可找到。结果只需输入：

sudo port install netcdf-fortran

仅安装库文件，但不创建.mod文件，我想这是必需的。所以我发现其他人也有同样的问题，给出的建议是使用gcc44进行安装，它确实创建了.mod文件，但然后我的编译器告诉我.mod文件是使用不同版本的gfortran构建的，不能使用，所以我正在尝试从头开始构建，但如果有更快的选项，我很乐意尝试！

- meteosteph

Answer 1

好的，我终于搞清楚了。 我使用macports重新安装了netcdf-fortran，然后.mod文件突然出现了，但是运行gfortran时会告诉我，netcdf.mod是使用与我使用的不同版本的fortran编译的（Macports使用4.8），所以我从macports获取了gcc48并且现在使用gfortran-mp-4.8进行编译，它可以工作了。

仍然不知道如何从头开始构建所有这些东西，但至少现在它可以工作了！

- meteosteph

Answer 2

通常情况下，当存在无法满足的下游依赖关系时，我会看到这种情况。由configure创建的测试程序正在查找libhdf5，但编译仍然失败，因为无法找到像libz或libszip这样的内容，具体取决于您的libhdf5是如何编译的。

如果您检查config.log文件并查找错误，它可能会告诉您类似于“未解析的符号”的内容。这将提示缺少哪个库。如果它连接到静态构建的libhdf5，则可能需要使用LDFLAGS添加适当的库。

如果您发布config.log文件的相关部分，我们可以帮助梳理出到底出了什么问题。

- Ward F.

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这是我进行hdf5安装时的config.log。这个是netcdf安装时的config.log，但是安装失败了。 - meteosteph

在我的原始问题上添加了一点内容，也许帮助我解决问题更容易... - meteosteph

Answer 3

有时候在配置参数中它不起作用。

 ./configure --enable-shared --enable-fortran --enable-netcdf-4 
 CPPFLAGS=-I$home/apps2/include LDFALGS=-L$home/apps2/lib --prefix=$home/apps2

当在打开的 SHELL 中导出 CPPFLAGS=-I$home/apps2/include 时，可能会出现问题。 也许你可以在 .bashrc 文件中设置环境变量 CPPFLAGS 和 LDFLAGS（优先于前两种方法）。

- michealjjyy

Answer 4

我遇到了同样的问题（找不到HDF5库），将所有参数都传递给配置命令，并且放在同一行上似乎起作用了。

CPPFLAGS="-I/my/HDF5/include" CC=mpicc LDFLAGS=-L/my/HDF5/lib LIBS=-ldl ./configure [...]

- water