R中HMM包出错

Question

我需要在这个错误上得到一些帮助。我正在尝试使用R中的HMM包构建一个HMM模块。我无法理解我的代码有什么问题。错误出现在使用Baum-Welch算法训练HMM时。

lathmm = initHMM(c("S","M1","M2","M3","M4","E"),c("m","i"),c(1,0,0,0,0,0),
+ matrix(c(   0,0,0,0,0,0,  
+             1,0,0,0,0,0,
+             0,1,0,0,0,0,
+             0,0,1,0,0,0,
+             0,0,0,1,0,0,
+             0,0,0,0,1,1
+             ),6,6), 
+  matrix(c(0,.5,.5,.5,.5,.5,  
+           0,.5,.5,.5,.5,.5  
+           ),6,2))
> 
> print(lathmm)
$States
[1] "S"  "M1" "M2" "M3" "M4" "E" 

$Symbols
[1] "m" "i"

$startProbs
 S M1 M2 M3 M4  E 
 1  0  0  0  0  0 

$transProbs
    to
from S M1 M2 M3 M4 E
  S  0  1  0  0  0 0
  M1 0  0  1  0  0 0
  M2 0  0  0  1  0 0
  M3 0  0  0  0  1 0
  M4 0  0  0  0  0 1
  E  0  0  0  0  0 1

$emissionProbs
      symbols
states   m   i
    S  0.0 0.0
    M1 0.5 0.5
    M2 0.5 0.5
    M3 0.5 0.5
    M4 0.5 0.5
    E  0.5 0.5

-> 初始化HMM时没有问题。

Baum-Welch训练：

> prot = sample(c(rep("m",100),rep("m",300)))
>  bw = baumWelch(lathmm,prot,10)
Error in if (d < delta) { : missing value where TRUE/FALSE needed

-> 这是错误信息。

有谁可以帮我解决这个问题。我不确定这个模块出了什么问题。

- datta ram

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你解决了吗？下面的答案似乎都不符合所需的解决方案。我也遇到了相同的数据问题。 - lrthistlethwaite

Answer 1

请尝试查看您的观测概率矩阵的初始化部分。如果您将状态“S”对应的前两个概率更改为非零值，则Baum-Welch算法可以正常工作。我使用RStudio运行它。

- almaysa

Answer 2

当“initHMM”中定义的一个或多个符号未出现在观察值中时，就会发生这种情况。

在您的情况下，您定义了符号“i”和“m”，但您的观察只包含“m”。

在调用“baumWelch”之前添加一些“i”，或者在调用“initHMM”时删除该符号。

- jboi