存储NetworkX图对象

Question

我有一个拥有大约5000个节点的庞大图形，是使用networkX创建的。每次执行我的脚本，创建这个图需要大约30秒的时间。在这相对较长的时间之后，我才能运行像shortest_path等分析。

我的问题是，是否有任何方法可以将此图的对象存储在文件或类似的东西中，并且每次运行我的脚本时，networkX读取该文件并加载我的整个图形？

- Ali dashti

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读取数据需要花费这么长时间，是因为它在进行大量的数据文件处理吗？如果是这样，那么仅保存图形到networkx支持的格式之一可能更有效率。https://networkx.org/documentation/stable//reference/readwrite/index.html - Joel

它需要很长时间，因为每次我都应该创建我的图形。我的节点在数据库中，我选择它们并使用“add_node”函数将它们添加到图形中。@Joel - Ali dashti

您可以考虑使用持久性存储解决方案来避免长时间加载。如果您正在寻找一种简单的解决方案，请尝试使用Memgraph - 一款开源的内存图形数据库。您可以将其用作NetworkX项目的即插即用替代品。了解更多信息：https://memgraph.com/memgraph-for-networkx[免责声明] 我在Memgraph工作，当我研究NetworkX的优缺点时，发现了这个SO问题。 - KateLatte

Answer 1

从2.6版本开始，方法 write_gpickle 和 read_gpickle 已被弃用。请改用以下方法：

import pickle

# save graph object to file
pickle.dump(G, open('filename.pickle', 'wb'))

# load graph object from file
G = pickle.load(open('filename.pickle', 'rb'))

请注意在open()中使用选项'wb'进行转储，以及选项'rb'进行加载。

- PatrickT

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谢谢，已经测试过了，使用 NetworkX 3.0，非常完美。 - Phil L.

同样适用于3.1版本。 - dave campbell

Answer 2

你可以使用 gpickle 来实现这一点。假设你的图形用 G 表示，你可以通过以下方式保存它：

nx.write_gpickle(G,'myGraph.gpickle')

并加载它

G = nx.read_gpickle('myGraph.gpickle')

https://networkx.org/documentation/stable//reference/readwrite/gpickle.html#pickled-graphs

- seulberg1

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文档显示自2.6版本起已被弃用... - PatrickT