如何将networkx图存储以在Gephi中进行可视化？

Question

我正在使用Python中的Networkx模块编写页面排名算法。我有一个字典列表，字典键是页面的标题，值是通过该页面引用的所有标题。

因此，为了创建可视化效果，我首先执行了以下操作：

G = nx.DiGraph()
G = nx.from_dict_of_lists(ref_dict)

其中ref_dict是上文提到的字典。

创建完图后，我使用Networkx的write_edgelist函数将图以csv格式储存。

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv')

这就是我的问题所在。csv文件将边缘存储为：

node1 node2 {} node1 node3 {}

当我直接在Gephi中使用此文件时，它会将{}作为节点处理，并相应地显示可视化结果。 那么，应该使用什么格式来存储networkx图以便于可视化呢？

- Suyash

Answer 1

使用write_gexf函数，例如：nx.write_gexf(G, "test.gexf")， 然后用 Gephi 打开文件，就可以看到它了。

参考资料：https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/generated/networkx.readwrite.gexf.write_gexf.html#write-gexf

- semenbari

Answer 2

您可以指定data参数告诉networkx不要添加{}:

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv', data=False)

除了 networkx 和 gephy 都支持的格式（如 GraphML）之外，如果您的数据具有相关属性，您可以执行更多复杂的数据可视化任务。

- Alz