将bash脚本整合到R包中？

Question

背景

我正在编写一个支持可重复性研究的R包。目前，工作流程主要由bash脚本支持，我可以通过发送单个命令如./runscript.sh来运行分析。我使用bash进行以下操作：

1. 文件操作tar，rsync，'rename'
2. 本地和通过ssh运行bash文件
3. 使用R --vanilla运行调用R函数的R脚本
4. 使用sed在文件中查找和替换文本
5. 通过qsub提交作业

我认为，使用R函数或R脚本从头到尾执行整个工作流程会更加高效（更清晰、更容易）。我更喜欢R，因为我更熟悉它，并且主要在emacs ESS中工作。

问题

1. 是否值得使用system和files函数将所有这些bash使用封装在R中？

2. 是否有其他我尚未发现但对此很有帮助的R包？

注释

根据Al3xa的答案，我意识到需要注意的重要一点是，在1000-2000个文件上使用R版本的tar和gsub与bash版本相比的速度惩罚可能会小于工作流程中当前的限制步骤：JAGS的计算（约10-20分钟）和FORTRAN（>4小时）。

- David LeBauer

Answer 1

嗯，有像tar，gsub等函数。无论如何，我猜你想创建一个跨平台的解决方案。出于速度考虑，你应该优先选择bash，并仅在需要R特定功能时使用R。我不认为将所有基于系统的命令包装在system和/或file.*中很有用...这会慢得多...如果你正在使用Linux，我建议使用littler而不是Rscript接口。

- aL3xa

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我不确定在处理1000-2000个文件时，使用R和bash版本的tar和gsub会带来什么速度惩罚（虽然我可以测试），但目前工作流程中限制速率的因素是JAGS计算（约10-20分钟）和FORTRAN计算（> 4小时）。 - David LeBauer

Answer 2

我是一个使用R作为“集成”环境而不是bash脚本的忠实粉丝。我正在将所有的bash和ruby脚本转移到Rscript，因为我需要对它们进行更改。

只有几个原因不将所有内容移动到R中，主要是指使用Rscript来完成此操作：

1）速度，从我的测试结果来看，在我遇到的任何情况下，影响都是适度的，并且相对于您提到的时间来说微不足道。

2）可移植性，即Rscript等路径在不同系统上可能不同。我在OS X上编写东西并将其移动到Linux服务器上没有遇到任何问题，但在Windows上可能会出现问题。

我认为使用R的优点是：

1）更容易编写。我不必在条件语句和for循环等方面来回切换，因为这些方面存在轻微的特殊性。

2）更容错。我无法描述我花费多少时间尝试让bash脚本工作，因为我不小心在不该有空格的地方放了一个空格。在这方面，R更加友好（是的，当然，我们应该完美地遵循R中的约定，但如果我没有这样做，我宁愿不要被卡住几个小时）。

3) 我的工作做得更好。对于tar文件来说没有关系，但是我发现在文本操作方面，例如与awk/sed相比，我在R中做得更好。

关于有用的软件包 - 据我所知，这并不存在，但我很想要一个基于R的版本make。 make的语法是最不灵活的之一（制表符还是空格？真的吗？）- 我很想编写一个基于R的替代品。总有一天，我会的......

- Noah