lme4::glmer.nb函数根据我运行模型的顺序，会出现“Error in family$family : $ operator not defined for this S4 class”的错误提示。

Question

lme4::glmer.nb函数根据我运行模型的顺序，会出现“Error in family$family : $ operator not defined for this S4 class”的错误提示。

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library(lme4)

dummy <- as.data.frame(cbind(speed = rpois(100, 10), pop = rep(1:4, each = 25), season = rep(1:2, each = 50), id = seq(1, 100, by = 1)))
dummy2 <- as.data.frame(cbind(speed = c(rnbinom(50, 10, 0.6), rnbinom(50, 10, 0.1)), pop = rep(1:4, each = 25), season = rep(1:2, each = 50), id = seq(1, 100, by = 1)))

poisson <- glmer(speed~pop*season + (1|id),
             data=dummy, family="poisson")
neg.bin <- glmer.nb(speed ~ pop*season + (1|id),
                data=dummy2, control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))

当我运行一个使用lme4软件包创建泊松模型的脚本，并在之后运行负二项式模型时，出现了以下错误：

Error in family$family : $ operator not defined for this S4 class

然而，如果我按相反的顺序运行模型，就不会出现错误消息。

library(lme4)
dummy <- as.data.frame(cbind(speed = rpois(100, 10), pop = rep(1:4, each = 25), season = rep(1:2, each = 50), id = seq(1, 100, by = 1)))
dummy2 <- as.data.frame(cbind(speed = c(rnbinom(50, 10, 0.6), rnbinom(50, 10, 0.1)), pop = rep(1:4, each = 25), season = rep(1:2, each = 50), id = seq(1, 100, by = 1)))
neg.bin <- glmer.nb(speed ~ pop*season + (1|id),
                data=dummy2, control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))
poisson <- glmer(speed~pop*season + (1|id),
             data=dummy, family="poisson")

neg.bin模型示例确实存在收敛警告，但是我的实际模型也出现了相同的情况，而这些模型正在正常收敛。运行Poisson模型会如何影响neg.bin模型？

- canderson156

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Zheyuan Li · Accepted Answer

因为您掩盖了 R 函数 poisson。以下代码可以正常工作（除了 neg.bin 会出现收敛警告）：

library(lme4)
set.seed(0)
dummy <- as.data.frame(cbind(speed = rpois(100, 10), pop = rep(1:4, each = 25), season = rep(1:2, each = 50), id = seq(1, 100, by = 1)))
dummy2 <- as.data.frame(cbind(speed = c(rnbinom(50, 10, 0.6), rnbinom(50, 10, 0.1)), pop = rep(1:4, each = 25), season = rep(1:2, each = 50), id = seq(1, 100, by = 1)))

## use a different name for your model, say `poisson_fit`
poisson_fit <- glmer(speed~pop*season + (1|id),
         data=dummy, family="poisson")

negbin_fit <- glmer.nb(speed ~ pop*season + (1|id),
            data=dummy2, control=glmerControl(optimizer="bobyqa"))

这里是问题。在 glmer.nb 的前几行中，有一行代码：

mc$family <- quote(poisson)

因此，如果您屏蔽了 poisson，则无法找到来自 stats 包中的正确函数 poisson。

Ben 刚刚通过将此代码替换为以下内容解决了此问题：

mc$family <- quote(stats::poisson)

我的原始观察关于family = "poisson"和match.fun并不是真正的问题所在。它只是解释了为什么在像glm和mgcv::gam这样的程序中，传递一个family字符串是合法的。