箱线图，如何将异常值的颜色与填充美学匹配？

Question

箱线图，如何将异常值的颜色与填充美学匹配？

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我想将箱线图（boxplot）的异常值颜色与美学设置的填充颜色（scale_colour_discrete）匹配。

这是一个例子。

m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)),
    fill=factor(Animation)))
m + geom_boxplot() + scale_y_log10()

以下代码生成了下图。我该如何将这些黑点改成正文中使用的红色/绿色颜色？如果我理解正确，箱线图的outlier.colour选项似乎只能选择一种颜色，而且不太美观。如果有需要，我可以使用颜色美学来实现。

原始版本

编辑：

参考这个解决方案（更改geom_boxplot中的whisker定义）。 stats_summary重置了水平闪避，我无法弄清楚如何重新获取它。因为现在我知道该怎么做，所以可能会删除异常值并根据需要拉伸盒须。

# define the summary function
f <- function(x) {
  r <- quantile(x, probs = c(0.05, 0.25, 0.5, 0.75, 0.95))
  names(r) <- c("ymin", "lower", "middle", "upper", "ymax")
  r
}
# define outlier function, beyound 5 and 95% percentiles
o <- function(x) {
  subset(x, x < quantile(x,probs=c(0.05))[1] | quantile(x,probs=c(0.95))[1] < x)
}

m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)),
    colour=factor(Animation)))
m <- m + stat_summary(fun.data=f, geom='boxplot')
m <- m + stat_summary(fun.y=o, geom='point', aes(colour=factor(Animation)))
m + scale_y_log10()

尝试失败

- yosukesabai

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这在当前版本中是不可能的，但在下一个版本中将会实现。 - kohske

@kohske，也许你可以将你的评论转化为一个答案。如果yosukesabai接受了这个答案，那么SO社区就清楚地知道这个问题已经解决了。（而且你还能获得一些声望值：））。 - Paul Hiemstra

实际上，我发现了kohske的答案"Changing whisker definition in geom_boxplot"，这可能可以用来解决我的问题。希望它不会太麻烦... - yosukesabai

@kohske，您能详细说明新版本中会修复什么问题以及时间框架吗？我希望在离散的x轴比例尺下，位置='dodge'可以适用于不同的几何形状。这是正在进行的工作吗？ - yosukesabai

1

@JoshO'Brien，我认为我的“解决方案”是不能接受的...一旦我想出如何分开这两个数据集，我会按照你说的做。谢谢你的评论。 - yosukesabai

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4个回答

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我找到了一个解决最新版本R中无法设置 geom_boxplot(outlier.colour = NULL)的方法(@jonsnow在谈论ggplot2的1.0.0版本)。

为了复制@cbeleites所建议的行为，你只需要使用以下代码：

update_geom_defaults("point", list(colour = NULL))
m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)),
            colour = factor(Animation)))
m + geom_boxplot() + scale_y_log10()

正如预期的那样，这将产生与线条颜色匹配的点的图表。

当然，如果需要绘制多个图表，则应记住恢复默认设置：

update_geom_defaults("point", list(colour = "black"))

解决方案是在github上阅读ggplot2 changelog：

geom_boxplot()的离群值使用geom_point()的默认颜色、大小和形状。使用update_geom_defaults()更改geom_point()的默认值将同时应用于geom_boxplot()的离群值。以前无法更改离群值的默认值。(@ThierryO, #757)

也在此发布：如何在ggplot2中为箱线图的离群点着色？

- tarch

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我找到了一种方法来完成这个操作，需要编辑原始的网格对象。

library(ggplot2)

match.ol.col <- function(plt,aes.cp='fill') {
  # matches outliers' color to either fill or colour aesthetics
  #   plt: ggplot layer object having boxplot
  #   aes.cp: aetsthetic from which copy color.  must be either 'fill' or 'col'
  # returns grid objects, so print it wigh grid.draw(), not print()
  if (aes.cp %in% c('color', 'colour')) aes.cp <- 'col'
  grob <- ggplotGrob(plt)
  bps <- getGrob(grob, 'boxplots', grep=T)
  for (bp in bps$children) {
    p <- getGrob(bp, 'point', grep=T)
    if (is.null(p)) next
    r <- getGrob(bp, 'rect', grep=T)
    grob <- geditGrob(grob, p$name, gp=gpar(col=r$gp[[aes.cp]]))
  }
  return(grob)
}


m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)),
    colour=factor(Animation)))
p <- m + geom_boxplot() + scale_y_log10()

grob <- match.ol.col(p, aes.cp='colour')
grid.draw(grob)

results:

- yosukesabai

1

我遇到了一个非常相似的问题。我想要与之前的图形匹配样式，所以想要黑色边框和彩色填充，并且匹配异常值。

我的解决方案是进行重叠打印，一次使用color =和默认的实心圆点，一次使用fill =和空心圆点形状。

p <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg))
p + geom_boxplot(aes(colour=factor(cyl))) + 
    geom_boxplot(aes(fill=factor(cyl)), outlier.shape=21)

带有填充颜色、黑边框和中位数线的箱型图

- JocelynSP

在第二个 geom_boxplot 调用中，您还可以执行 outlier.colour = NA。 - bmayer

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使用 ggplot2 2.2.1 版本，我发现不需要进行覆盖打印。只需使用 p + geom_boxplot(aes(fill=factor(cyl)), outlier.shape=21) 即可获得与箱子填充颜色相匹配的异常值点填充颜色。 - Michael S Taylor

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- cbeleites unhappy with SX · Accepted Answer

正如 @koshke 所说，通过设置 outlier.colour = NULL，现在可以轻松地将异常值的颜色设为盒须的线条颜色（而不是填充颜色）：

m <- ggplot(movies, aes(y = votes, x = factor(round(rating)),
    colour = factor(Animation)))
m + geom_boxplot(outlier.colour = NULL) + scale_y_log10()

带有彩色异常值的箱线图

outlier.colour必须用“ou”拼写。
outlier.colour必须放在aes()之外。

我将此发布为一个晚回答，因为我发现自己一次又一次地查找它，并且我还发布了相关问题的答案（在ggplot2中对箱线图异常值点着色？）。