从文本文件到稀疏矩阵的Matlab转换。

Question

从文本文件到稀疏矩阵的Matlab转换。

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I have a huge text file in the following format:

第一列是x坐标，而第二列是y坐标。这意味着如果我需要构建一个矩阵

M = zeros(N, N);
M(1, 2) = 1;
M(1, 3) = 1;
.
.
M(2, 247) = 1;

这个文本文件非常大，无法一次性加载到内存中。我必须逐行读取并将其保存在一个稀疏矩阵中。

因此，我需要以下功能：

function mat = generate( path )
    fid = fopen(path);
    tline = fgetl(fid);
    % initialize an empty sparse matrix. (I know I assigned Mat(1, 1) = 1)
    mat = sparse(1);
    while ischar(tline)
        tline = fgetl(fid);
        if ischar(tline)
            C = strsplit(tline);
        end
        mat(C{1}, C{2}) = 1;
    end
    fclose(fid);
end

不幸的是，除了第一行之外，它只会在我的稀疏矩阵中放入垃圾。演示：

如果我打印稀疏矩阵，我会得到以下结果：

   (1,1)        1
  (50,52)       1
  (49,57)       1
  (50,57)       1

有什么建议吗？

- Tony Tannous

我猜你需要使用 str2double() 将 C{1} 和 C{2} 转换为数字。但是，如果坐标文件太大无法加载到内存中，那么构建的稀疏数组也很可能会太大。我认为 MATLAB 在内部使用压缩稀疏列表示法，这比一组坐标点更占空间... - Justin

@Justin 对不起，文件大小是500MB。我的意思是我无法将其在普通矩阵中打开，然后再将其稀疏化，因为它太大了。我需要通过逐行读取来构建稀疏矩阵。 - Tony

@TonyTannous：一个小建议：由于path是一个内置函数，您不应该将其用作变量名。 - gnovice

@gnovice 感谢您的回答和建议。 - Tony

1个回答

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原文链接

- gnovice · Accepted Answer

修复问题...

你的问题在于C是一个字符数组的元胞数组，而不是数字。你需要将从文件中读取的字符串转换为整数值。你可以使用像str2num和str2double这样的函数，而不是strsplit。在这种情况下，由于tline是一个以空格分隔的整数字符数组，因此str2num是计算C最容易使用的方法：

C = str2num(tline);

然后，您只需像数组一样索引 C，而不是单元数组：

mat(C(1), C(2)) = 1;

额外信息：如果你想知道即使C包含字符，为什么你的演示代码仍然有效，那是因为MATLAB有时会自动将变量转换为某些操作的正确类型。在这种情况下，这些字符被转换为它们的double ASCII码等价值：'1'变成了49，'2'变成了50等等。然后将它们用作mat的索引。

更简单的替代方案...

你甚至不需要烦恼上面所有的麻烦，因为你可以使用dlmread和sparse来替换整个函数，就像这样：

data = dlmread(filePath);
mat = sparse(data(:, 1), data(:, 2), 1);
clear data;  % Save yourself some memory if you don't need it any more