Python + GNU Plot：处理缺失值

Question

为了更清晰地阐述问题，我已经将问题隔离出来，并使用了一个小但完整的片段来描述它。

我有许多数据，但缺失了很多部分。我想忽略这些（如果它是折线图，则为图形中断）。我已将“？”设置为缺少数据的符号。以下是我的片段：

import math
import Gnuplot

gp = Gnuplot.Gnuplot(persist=1)
gp("set datafile missing '?'")

x = range(1000)

y = [math.sin(a) + math.cos(a) + math.tan(a) for a in x]

# Force a piece of missing data
y[4] = '?'

data = Gnuplot.Data(x, y, title='Plotting from Python')
gp.plot(data);

gp.hardcopy(filename="pyplot.png",terminal="png")

但是它不起作用：

> python missing_test.py
Traceback (most recent call last):
  File "missing_test.py", line 8, in <module>
    data = Gnuplot.Data(x, y, title='Plotting from Python')
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/Gnuplot/PlotItems.py", line 560, in Data
    data = utils.float_array(data)
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/Gnuplot/utils.py", line 33, in float_array
    return numpy.asarray(m, numpy.float32)
  File "/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/core/numeric.py", line 230, in asarray
    return array(a, dtype, copy=False, order=order)
ValueError: setting an array element with a sequence.

出了什么问题？

- Benjamin

Answer 1

Gnuplot正在调用numpy.asarray将您的Python列表转换为numpy数组。不幸的是，这个命令（带有dtype=numpy.float32）与包含字符串的Python列表不兼容。您可以像这样重现错误：

In [36]: np.asarray(['?',1.0,2.0],np.float32)
---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)

/usr/lib/python2.6/dist-packages/numpy/core/numeric.pyc in asarray(a, dtype, order)
    228 
    229     """
--> 230     return array(a, dtype, copy=False, order=order)
    231 
    232 def asanyarray(a, dtype=None, order=None):

ValueError: setting an array element with a sequence.

此外，Gnuplot python模块(版本1.7)文档中提到：

• 数组数据中没有缺失数据点的处理方式（gnuplot通过“set missing”命令允许缺失数据点）。

我不确定这个问题在1.8版本中是否已经解决。

你对gnuplot有多忠诚？你尝试过matplotlib吗？

- unutbu