在R igraph中绘制社区对象时更改顶点颜色

Question

我希望在一个图形`g`上运行社区检测算法，以获取社区对象`cd`，然后使用`plot(cd,g)`创建一个包含半透明斑点的图形，其中包含社区。但是，我还想将顶点着色，似乎`plot`会覆盖我赋给`V(g)$names`的顶点颜色。

以下是示例以说明我的意思：

v1 <- c(1,1,2,3,4,4,6,7,8,9)
v2 <- c(2,3,3,4,5,6,5,8,9,7)

graph <- data.frame(v1,v2)
g <- graph.data.frame(graph, directed=FALSE)

cd <- fastgreedy.community(g)

vcolor <- c("white", "white", "white",
             "blue", "blue", "blue",
             "red", "red", "red")

vertex_attr(g)$color <- vcolor

plot(g)
plot(cd,g)

当你执行plot(g)时，顶点的颜色是红、白和蓝色的。然而，当你执行plot(cd,g)时，它们的颜色分别是蓝、绿和橙。

执行plot(g)的结果如下: 执行plot(cd,g)的结果如下: 我想保留半透明的色块，但是我想强制自己的着色方式。原因是我想比较社区成员（色块）与另一种分类（顶点颜色）。

当我更改顶点标签时，没有遇到同样的问题。同时，我应该指出，这种方法不起作用:

plot(cd,g,vertex.color=vcolor)

- sam

Answer 1

我知道这是一个老问题，但我也一直在苦苦挣扎，现在我想我已经找到了一个简单的答案，希望能对你有所帮助。使用你的示例：

v1 <- c(1,1,2,3,4,4,6,7,8,9)
v2 <- c(2,3,3,4,5,6,5,8,9,7)

graph <- data.frame(v1,v2)
g <- graph.data.frame(graph, directed=FALSE)

cd <- fastgreedy.community(g)

vcolor <- c("white", "white", "white",
            "blue", "blue", "blue",
            "red", "red", "red")

plot(cd,g,
     col = vcolor)

- eb2018

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哇！谢谢你！ - undefined