使用Python将tiff堆栈加载到numpy数组中

Question

我在使用.tif文件时遇到了一些小问题。我相信这只是一个我无法解决的小问题（请记住，我是一名相对较新的程序员）。

基本上来说：我准备了大小为64x64xn（n最多1000）的.tif文件。该图像只是包含所有切片的单个文件。我想将该图像加载到（多维）numpy数组中。我已经尝试过：

from PIL import Image as pilimage

file_path=(D:\luca\test\test.tif)
print("The selected stack is a .tif")
dataset = pilimage(file_path)
tiffarray = np.array(dataset)
expim = tiffarray.astype(np.double);
print(expim.shape)

还有其他一些东西（如tiff文件）。我似乎只能读取堆栈的第一个切片。 "expim"是否能够包含保存在tiff堆栈中的所有信息？

- Amadeus

Answer 1

我不确定是否有一种方法可以让PIL打开TIFF堆栈的多个切片。

然而，如果您不必使用PIL，则一个替代方法是scikit-image，它默认情况下会打开TIFF堆栈中的多个切片。以下是使用scikit-image将TIFF堆栈加载到Numpy数组中的示例代码：

>>> from skimage import io
>>> im = io.imread('an_image.tif')
>>> print(im.shape)
(2, 64, 64)

请注意，imread函数将图像直接加载到Numpy数组中。此外，生成的数组的维度是按顺序排列的（z，y，x），其中z表示深度，y表示高度，x表示宽度。因此，要从堆栈中获取单个切片，您只需执行以下操作：

>>> print(im[1].shape)
(64, 64)

- forty_two

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不确定我得到的多页TIFF文件是否存在问题，但是出现了这个错误：KeyError: <COMPRESSION.CCITT_T6: 4>。 - arun

Answer 2

PIL有一个名为seek的函数，可以移动到tiff堆栈的不同切片。

from PIL import Image

file_path=(D:\luca\test\test.tif)
print("The selected stack is a .tif")
dataset = Image.open(file_path)
h,w = np.shape(dataset)
tiffarray = np.zeros((h,w,dataset.n_frames))
for i in range(dataset.n_frames):
   dataset.seek(i)
   tiffarray[:,:,i] = np.array(dataset)
expim = tiffarray.astype(np.double);
print(expim.shape)

- Misha Smirnov