为什么我的 NetworkX 图中节点之间没有显示边？

Question

我有两个列表。其中一个具有此数据结构：每行的第一个元素是ID，第二个元素是电子邮件地址。

     ['0', '[e-mail]']
     ['1','[e-mail]']

第二个列表是一个“谁给谁写信”的列表，每行的第一个ID号码是发件人，第二个号码是收件人。

     ['0', '4']
     ['0', '6']
     ['1', '4']

顺便说一下，括号实际上并不是列表的一部分。这是我的Jupyter笔记本输出。第一个列表大约有2000个，第二个列表有40000行。在下面的代码中，我从第一个列表中添加节点（在这种情况下是电子邮件地址），然后循环遍历第二个列表并使用给定的ID创建节点之间的边缘。

    first =-1
    second =-1
    for row in idsList:
         g.add_nodes_from(row[1])
    for row in dncList:
        for i in range (len(idsList)):
            if (row[0]==idsList[i][0]):
                first=i;
            elif(row[1]==idsList[i][0]):
                second=i
        g.add_edge(idsList[first][1],idsList[second][1])
    nx.draw_networkx(g,with_labels = False, node_size = 30)
    plt.show()

然而，我无法看到节点之间的边缘。上述代码生成了下面的图形。使用edges()打印会给出所有边的列表，因此没有问题。我在这里漏掉了什么？

- artre

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只是一条注释。这个for循环由于所有的索引而难以阅读。for i in range (len(idsList)) ... 为什么不这样做呢？for index, id in enumerate(idsList): if id[0] == row[0]: first = index elif id[0] == row[0]: second = index - Joel

Answer 1

您的图表目前看起来是未定向的。除非您打算制作无向图，否则您应该将其更改为有向图。这样应该可以解决问题。

g = nx.DiGraph()

- melar

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但为什么无向图的边没有显示出来呢？ - Eerik Sven Puudist

Answer 2

你的边缘生成可能存在问题。例如，sec未定义，而first或second可能会保留上一次迭代的值。

如果将第一个列表转换为字典，则不需要第二个循环。以下是定义图形的更快方法：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

l1 = [ ['0', '[e-mail]'],
     ['1','[e-mail]'],
     ['2','c'],
     ['3','d'],
     ['4','e']
      ]

l2 = [['0', '4'],
     ['0', '2'],
     ['2', '3'],
     ['1', '3'],
     ['1', '2'],
     ['1', '4']]

addresses = dict(l1)

g = nx.Graph()
for address in addresses.values():
    g.add_node(address)

for i1, i2 in l2:
    g.add_edge(addresses[i1], addresses[i2])

nx.draw_networkx(g,with_labels = False, node_size = 30)
plt.show()

它的输出结果为:

- Eric Duminil

---

@Reti43：我一开始将键转换为整数，所以需要使用字典推导。已更新。谢谢！ - Eric Duminil

@EricDuminil：我用自己的L1和L2尝试了你的方法，但是没有成功。它生成的图形与我上面发布的图形非常相似，仍然没有可见的边缘... - artre

@artre：您能否请发一些更多的数据，比如20个节点和100条边吗？这样应该足够检查问题在哪了。 - Eric Duminil

Answer 3

我尝试了几乎与你的代码相同的代码：

idsList = [ 
  ['0', '[e-mail]'],
  ['1','[e-mail]'],
  ['2','[e-mail]'],
  ['3','[e-mail]'],
  ['4','[e-mail]']
  ]
dncList = [
  ['0', '4'],
  ['2', '3'],
  ['1', '3'],
  ['1', '2'],
  ['1', '4']
  ]
g = nx.Graph()
first =-1
second =-1
for row in idsList:
      g.add_nodes_from(row[1])
for row in dncList:
    for i in range (len(idsList)):
        if (row[0]==idsList[i][0]):
            first=i;
        elif(row[1]==idsList[i][0]):
            second=i
    g.add_edge(idsList[first][1],idsList[second][1])
nx.draw_networkx(g,with_labels = True, node_size = 300, node_color='skyblue')
plt.show()

然后得到：

解决方案基本上是使用add_node而不是add_nodes_from，像这样：

g = nx.Graph()
for row in idsList:
  g.add_node(row[0], email=row[1])
for row in dncList:
  g.add_edge(row[0], row[1])
nx.draw_networkx(g,with_labels = True, node_size = 300, node_color='skyblue')
plt.show()

- eiji56.y1956