我在R中有重叠的数据点。
x = c(4,4,4,7,3,7,3,8,6,8,9,1,1,1,8)
y = c(5,5,5,2,1,2,5,2,2,2,3,5,5,5,2)
plot(x,y)
我该如何绘制这些点,使重叠的点比未重叠的点更大?例如,如果有3个点位于(4,5),那么在位置(4,5)的点应该比仅有1个点的点大三倍。
这里有一种使用ggplot2
的方法:
x = c(4,4,4,7,3,7,3,8,6,8,9,1,1,1,8)
y = c(5,5,5,2,1,2,5,2,2,2,3,5,5,5,2)
df <- data.frame(x = x,y = y)
ggplot(data = df,aes(x = x,y = y)) + stat_sum()
默认情况下,stat_sum
使用实例的比例。您可以通过执行以下操作来改为使用原始计数:
ggplot(data = df,aes(x = x,y = y)) + stat_sum(aes(size = ..n..))
这里有一个更为简单的(我认为)解决方案:
x <- c(4,4,4,7,3,7,3,8,6,8,9,1,1,1,8)
y <- c(5,5,5,2,1,2,5,2,2,2,3,5,5,5,2)
size <- sapply(1:length(x), function(i) { sum(x==x[i] & y==y[i]) })
plot(x,y, cex=size)
## Tabulate the number of occurrences of each cooordinate
df <- data.frame(x, y)
df2 <- cbind(unique(df), value = with(df, tapply(x, paste(x,y), length)))
## Use cex to set point size to some function of coordinate count
## (By using sqrt(value), the _area_ of each point will be proportional
## to the number of observations it represents)
plot(y ~ x, cex = sqrt(value), data = df2, pch = 16)
虽然您并未直接要求此方法,但 alpha 可能是另一种解决此问题的方法:
library(ggplot2)
ggplot(data.frame(x=x, y=y), aes(x, y)) + geom_point(alpha=.3, size = 3)
cex
。首先,我会使用as.data.frame
和table
函数将你的数据减少到唯一的(x,y)对及其频率:new.data = as.data.frame(table(x,y))
new.data = new.data[new.data$Freq != 0,] # Remove points with zero frequency
plot(as.numeric(new.data$x), as.numeric(new.data$y), cex = as.numeric(new.data$Freq))
as.data.frame(table(x,y))
是我正在寻找的简单聚合函数。 - Josh O'Brienas.numeric(as.character(x))
或(为了预防as.character()
部分,可以先执行as.data.frame(table(x,y), stringsAsFactors=FALSE)
)。此外,无需将new.data$Freq
包装在as.numeric()
中,因为它已经是一个整数。 - Josh O'Brien使用lattice
和table
的解决方案(类似于@R_User,但不需要删除0,因为lattice会处理)
dt <- as.data.frame(table(x,y))
xyplot(dt$y~dt$x, cex = dt$Freq^2, col =dt$Freq)
plotrix
包中还有一个sizeplot
函数... - Ben Bolker