重叠点图

Question

我在R中有重叠的数据点。

x = c(4,4,4,7,3,7,3,8,6,8,9,1,1,1,8)
y = c(5,5,5,2,1,2,5,2,2,2,3,5,5,5,2)
plot(x,y)

我该如何绘制这些点，使重叠的点比未重叠的点更大？例如，如果有3个点位于(4,5)，那么在位置(4,5)的点应该比仅有1个点的点大三倍。

- CodeGuy

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除了所有这些答案之外，在plotrix包中还有一个sizeplot函数... - Ben Bolker

Answer 1

这里有一种使用ggplot2的方法：

x = c(4,4,4,7,3,7,3,8,6,8,9,1,1,1,8)
y = c(5,5,5,2,1,2,5,2,2,2,3,5,5,5,2)
df <- data.frame(x = x,y = y)
ggplot(data = df,aes(x = x,y = y)) + stat_sum()

默认情况下，stat_sum 使用实例的比例。您可以通过执行以下操作来改为使用原始计数：

ggplot(data = df,aes(x = x,y = y)) + stat_sum(aes(size = ..n..))

- joran

Answer 2

这里有一个更为简单的（我认为）解决方案：

x <- c(4,4,4,7,3,7,3,8,6,8,9,1,1,1,8)
y <- c(5,5,5,2,1,2,5,2,2,2,3,5,5,5,2)
size <- sapply(1:length(x), function(i) { sum(x==x[i] & y==y[i]) })
plot(x,y, cex=size)

- Theodore Lytras

Answer 3

## Tabulate the number of occurrences of each cooordinate
df <- data.frame(x, y)
df2 <- cbind(unique(df), value = with(df, tapply(x, paste(x,y), length)))

## Use cex to set point size to some function of coordinate count
## (By using sqrt(value), the _area_ of each point will be proportional
##  to the number of observations it represents)
plot(y ~ x, cex = sqrt(value), data = df2, pch = 16)

- Josh O'Brien

Answer 4

虽然您并未直接要求此方法，但 alpha 可能是另一种解决此问题的方法：

library(ggplot2)
ggplot(data.frame(x=x, y=y), aes(x, y)) + geom_point(alpha=.3, size = 3)

- Tyler Rinker

Answer 5

你需要在绘图函数中添加参数cex。首先，我会使用as.data.frame和table函数将你的数据减少到唯一的(x,y)对及其频率：

new.data = as.data.frame(table(x,y))
new.data = new.data[new.data$Freq != 0,] # Remove points with zero frequency

这样做的唯一缺点是将数字数据转换为因子。因此，需要将其转换回数字并进行绘图！

plot(as.numeric(new.data$x), as.numeric(new.data$y), cex = as.numeric(new.data$Freq))

- R_User

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很好。as.data.frame(table(x,y))是我正在寻找的简单聚合函数。 - Josh O'Brien

重要编辑：table（x，y）将数值数据转换为因子，因此在绘图时需要将它们转换回数值数据。我自己刚刚意识到这一点！ - R_User

事实上，你需要比这更加小心，使用as.numeric(as.character(x))或（为了预防as.character()部分，可以先执行as.data.frame(table(x,y), stringsAsFactors=FALSE)）。此外，无需将new.data$Freq包装在as.numeric()中，因为它已经是一个整数。 - Josh O'Brien

Answer 6

您可能还想尝试使用sunflowerplot。

sunflowerplot(x,y)

- Alex

Answer 7

让我提出调整点大小的替代方案。使用大小（半径？面积？）的缺点之一是读者对点的大小与基础数值之间的评估是主观的。

因此，选项1：使用透明度绘制每个点---Tyler已经做了！选项2：使用“抖动”轻微地推动您的数据，以便绘制的点不重叠。

- Carl Witthoft

Answer 8

使用lattice和table的解决方案（类似于@R_User，但不需要删除0，因为lattice会处理）

   dt <-  as.data.frame(table(x,y))
   xyplot(dt$y~dt$x, cex = dt$Freq^2, col =dt$Freq)

- agstudy