在spatstat中绘制残差图，而不重叠点。

Question

这可能很简单，但我花了很多时间尝试弄清楚它没有任何运气，也许有人可以帮助我。

我通过在spatstat中使用ppm()函数拟合了点模式模型（下面是可重现的代码），当我绘制残差时，它会自动将点绘制在残差图像上，这使得很难看到任何东西。 有人知道如何避免这种情况吗？

代码：

library(spatstat)
pattern <- rpoispp(300)
cov <- rnoise(rgen = rnorm, dimyx=32, mean=2, sd=1, w = pattern$window)
fit <- ppm(pattern ~ cov)
res <- residuals.ppm(fit, type = "raw")
plot(res, how = "imagecontour")

- Virginia Morera Pujol

Answer 1

数据点没有被“超量绘制”在残差上：残差指标包括每个数据点处的一份“原子”和一个平滑的密度，因此图表是正确的。

如果问题是因为表示原子的符号太大而看不清楚细节，那么您可以减小这些符号的比例，使用其中一个参数markscale或maxsize，它们将被传递给plot.ppp。

再次，如果有很多数据点，您最好只是平滑残差测量。如果res是您计算的残差测量值，那么请尝试plot(Smooth(res))。有关更多信息，请参见Smooth.msr的帮助文档。

如果您真的需要提取残差测量的平滑密度组件，则可以遵循Ege的建议，或者使用with.msr。例如

with(res, Smooth(qlocations %mark% density)) 

提供一个代表残差度量连续部分的图像。

这些评论仅适用于原始残差，其中所有原子质量相等为1。对于其他类型的残差，其原子质量不均，因此显示它们变得更加重要。

- Adrian Baddeley

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我确实误解了情节。你和Ege的评论帮了我很多，非常感谢！ - Virginia Morera Pujol

Answer 2

对于点过程模型来说，残差实际上是一个带有离散部分（集中在观测位置）和连续部分的符号测度。如果你只绘制连续部分，那么你实际上并没有绘制残差...

当然，你想要仅绘制连续部分是一个有效的观点，而获得这个的简单方法是将type = "n"传递给plot.msr，它会将其发送到plot.ppp。然而，这仍然会在左侧给出奇怪的符号图。

或者，您可以使用内部的spatstat函数augment.msr，它会向残差对象添加像素图像，然后使用该图像进行绘制（请注意，使用内部函数不能保证在将来的spatstat版本中正常工作）：

library(spatstat)
pattern <- rpoispp(300)
cov <- rnoise(rgen = rnorm, dimyx=32, mean=2, sd=1, w = pattern$window)
fit <- ppm(pattern ~ cov)
res <- residuals.ppm(fit, type = "raw")
plot(res, how = "imagecontour")
res <- augment.msr(res)
den <- attr(res, "smoothdensity")
plot(den)

- Ege Rubak