如何将NetworkX图转换为igraph对象（从Python到R）

Question

我有两个使用Networkx(基于Python 3.8)从头构建的图形对象。为了更好地理解情况，这是一个摘要片段：

G = nx.Graph()
Z = nx.Graph()

#some work here to get data for nodes and edges

G.add_nodes_from([(data["id"], {"origin": data["origin"], "text": data["text"]})])

#some other work in order to hash data for improved nodes privacy

G.add_edge(h.hexdigest(), data["x"])
Z.add_edge(h.hexdigest(), data["x"], weight=polarity) #here polarity is a simple double value

现在的问题是，我想导出这些对象以便在RStudio和igraph包中进行一些工作。到目前为止，我尝试了以下几件事情（但都没有成功）:

1. 导出一个直接的邻接表（但在RStudio中我会出现错误，与它期望一个方阵有关，我不太记得了）
2. 导出边缘列表（但我会得到另一种类型的错误，似乎无法使用权重表示）
3. 使用一个简单的方法，将其导出为gml格式，然后安装python-igraph，在函数Read_Adjacency()中读取gml文件，再用函数Write_Adjacency()重新导出（希望通过这个中间步骤可以使igraph能够理解格式）
4. 我尝试了这里提出的解决方案，但也没有成功

我该怎么做？

这是我在RStudio中使用的代码：

ADJACENCY=read.csv("myadjlist.csv",header=FALSE,row.names=NULL,sep=";")
ADJACENCY=as.matrix(ADJACENCY)
#then we create the graph
G=graph_from_adjacency_matrix(ADJACENCY, mode="undirected")

错误信息如下：

在structure_generators.c:274处报错：非方阵矩阵，非方阵矩阵

这是我的邻接表：

链接

- docdev

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请提供更多的细节。例如，分享您正在使用的邻接表，并发布您收到的具体错误。如果我们看不到涉及的对象类型和错误，那么很难给予帮助。 - nicola

看起来 ADJACENCY 实际上不是一个邻接矩阵。请使用 dput 共享它，以便我们可以检查它。 - nicola

好的，现在我已经编辑过了。 - docdev

该文件看起来并不像是邻接表。你看到了吗？应该如何解释它？例如，一行是：820976985387313;d54fd34cbddc270cafac961fa721b4406cc6de97;1c0e32c2bebad24ad7a06350a909788643ed13aa;ec13d5dd8f9e011e3114bd23404fe1a50da875aa。这意味着什么？ - nicola

我刚刚在Python中使用了Networkx库的函数nx.write_adjlist(G, "my csv")。因此，我期望输出是一个邻接表。我对这行代码的理解是节点820976985387313与d54fd34cbddc270cafac961fa721b4406cc6de97相连，直到遇到换行符为止。 - docdev

Answer 1

igraph 现在支持直接转换为和从 networkx 对象。有关更多详细信息，请参见 https://igraph.org/python/doc/api/igraph.Graph.html#from_networkx。如果您首先将其转换为 Python 中的 igraph 对象，将其写入文件，然后使用 R 中的 igraph 重新读取它，则应该可以正常工作。

- Vincent Traag

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文档链接似乎已更改为https://igraph.org/python/doc/api/igraph.Graph.html#from_networkx。 - rlchqrd