使用NetworkX和matplotlib.ArtistAnimation

Question

我想做的是创建一个动画，在动画中，图形的节点会随着时间改变颜色。当我在matplotlib上搜索动画相关的信息时，通常看到的示例看起来像这样：

#!/usr/bin/python

import numpy as np
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.animation import ArtistAnimation

fig = plt.figure(figsize=(8,8))
images = []
for i in range(10):
  data = np.random.random(100).reshape(10,10)
  imgplot = plt.imshow(data)
  images.append([imgplot])
anim = ArtistAnimation(fig, images, interval=50, blit=True)
anim.save('this-one-works.mp4')
plt.show()

所以我认为我可以像这样做：

#!/usr/bin/python

import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.animation import ArtistAnimation

G = nx.Graph()
G.add_edges_from([(0,1),(1,2),(2,0)])
fig = plt.figure(figsize=(8,8))
pos=nx.graphviz_layout(G)
images = []
for i in range(10):
  nc = np.random.random(3)
  imgplot = nx.draw(G,pos,with_labels=False,node_color=nc) # this doesn't work
  images.append([imgplot])
anim = ArtistAnimation(fig, images, interval=50, blit=True)
anim.save('not-this-one.mp4')
plt.show()

我卡在的问题是，在使用nx.draw()绘制图形后，我如何获得适当类型的对象放入传递给ArtistAnimation的数组中。在第一个例子中，plt.imshow()返回一个matplot.image.AxesImage类型的对象，但是nx.draw()实际上并没有返回任何东西。有没有办法可以获取适当的图像对象？

当然，完全不同的方法也是欢迎的（似乎在matplotlib中总是有很多不同的方法来做同一件事情），只要我完成后可以将我的动画保存为mp4格式。

谢谢！

--Craig

- cjolley

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它是否给你任何错误？它的工作方式有何不同？您检查过 nx.draw 的返回值吗？ - tacaswell

Answer 1

import numpy as np
import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.animation import FuncAnimation

G = nx.Graph()
G.add_edges_from([(0,1),(1,2),(2,0)])
fig = plt.figure(figsize=(8,8))
pos=nx.graphviz_layout(G)
nc = np.random.random(3)
nodes = nx.draw_networkx_nodes(G,pos,node_color=nc)
edges = nx.draw_networkx_edges(G,pos) 


def update(n):
  nc = np.random.random(3)
  nodes.set_array(nc)
  return nodes,

anim = FuncAnimation(fig, update, interval=50, blit=True)

nx.draw方法没有返回任何值，所以你的方法不起作用。最简单的方法是使用nx.draw_networkx_nodes 和 nx.draw_networkx_edges来绘制nodes和edges，它们会返回PatchCollection和LineCollection对象。然后可以使用set_array更新节点的颜色。

使用相同的框架，您还可以移动节点（通过set_offsets对于PatchCollection和set_verts或set_segments对于LineCollection）。

我看过的最佳动画教程：http://jakevdp.github.io/blog/2012/08/18/matplotlib-animation-tutorial/

- tacaswell

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太好了！FuncAnimation似乎比ArtistAnimation更能控制我正在做的事情；这正是我所需要的。谢谢。 - cjolley