使用scale_size_area（ggplot2）将大小为“0”的点绘制为完全缺失的点

Question

我想制作一个条件气泡图，根据簇绘制，每个气泡的大小由第三个“percent”变量设置。根据ggplot2文档，我认为我应该能够通过scale_size_area实现这一点。我不清楚为什么这不起作用，当percent=0时我仍然看到非常小的点。（如果我误解了，我也希望能得到解决方案。在我的真实数据中，区分0和非常接近0非常重要。）

ex <- data.frame(Condition=rep(c("ex1","ex2","ex3","ex4"),4),
                 Cluster=c(rep(1,4),rep(2,4),rep(3,4),rep(4,4)),
             Percent=c(0,0,0,1,0.25,0,0.25,0.5,1,0,0,0,0.25,0.25,0.25,0.25))
ggplot(ex, aes(Cluster, Condition, size=Percent))+ 
           geom_point(color = "blue")+ scale_size_area(max_size=20)

- blep

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你是否考虑过使用 ifelse(Percent==0, NA, Percent) 代替 size=Percent？ - lukeA

可能与“描边”（点的轮廓）有关。尽管我的印象是只有21到25号点有轮廓，但在geom_point中使用stroke = 0会在Percent为0时删除这些点。 - aosmith

@lukeA 那个方法可行！如果你想把它作为答案发布，我很乐意接受。 - blep

Answer 1

试一试

library(ggplot2)
ex <- data.frame(Condition=rep(c("ex1","ex2","ex3","ex4"),4),
                 Cluster=c(rep(1,4),rep(2,4),rep(3,4),rep(4,4)),
             Percent=c(0,0,0,1,0.25,0,0.25,0.5,1,0,0,0,0.25,0.25,0.25,0.25))
ggplot(ex, aes(Cluster, Condition, size=ifelse(Percent==0, NA, Percent))))+ 
           geom_point(color = "blue")+ scale_size_area(max_size=20)

使用size=ifelse(Percent==0, NA, Percent))而不是size=Percent将排除这些点的绘制。

- lukeA

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这是一个近似的解决方法，但 ggplot 仍将值零解释为非零圆圈，因此其他大小值仍然在其大小上略有不准确。这个解决方法可能足够接近，以至于人眼无法区分错误，但它实际上并没有解决问题。 - Ben

Answer 2

您可以尝试以下方法，使用data.table：

您也可以尝试以下方法，使用data.table：

library(data.table)
ex2<-as.data.table(ex)
ggplot(ex2, aes(Cluster, Condition))+ 
geom_point(data=ex2[ex2$Percent > 0],aes(size=Percent), color = "blue")+scale_size_area(max_size=20)

在这里，您只需在geom_point中创建一个新框架，排除所有百分比等于0的行。 以前的方法存在问题：如果您的所有行百分比都为零，那么...

Percent=c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)

您会收到一个错误

grid.Call.graphics(C_setviewport, vp, TRUE) 错误：视口的大小和/或位置不是无限的。

如果您使用数据表方法（或任何其他只向ggplot提供要绘制的信息的方法），则不会有任何问题，并且您将获得一个空图，这在自动化脚本的情况下要比崩溃好。

- EddyXorb