在Mac OS X Mavericks上安装numpy并使用替代LAPACK/BLAS

Question

我正在尝试使用Python多进程包并行化一些广泛使用NumPy的代码。不幸的是，正如这里所述，苹果提供的默认线性代数库（Accelerate/Veclib）不能并行运行。因此，我正在尝试在安装NumPy时链接一个备用的LAPACK/BLAS，希望我的代码可以在没有崩溃的情况下并行化！

我下载并编译了另一个LAPACK/BLAS。然后，按照这里的说明进行操作：

export LAPACK=/usr/local/Cellar/lapack/3.4.2/lib/liblapack.dylib
export BLAS=/usr/local/Cellar/lapack/3.4.2/lib/libblas.dylib
export ATLAS=None
pip install numpy

这些代码运行良好。然而，如果我运行

numpy.show_config()

在Python中，我得到了：

atlas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
blas_opt_info:
    extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']
    extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers']
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)]
atlas_blas_threads_info:
  NOT AVAILABLE
openblas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_opt_info:
    extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate']
    extra_compile_args = ['-msse3']
    define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)]
atlas_info:
  NOT AVAILABLE
lapack_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
blas_mkl_info:
  NOT AVAILABLE
atlas_blas_info:
  NOT AVAILABLE
mkl_info:
  NOT AVAILABLE

这表明NumPy仍在使用苹果的LAPACK/BLAS！事实上，崩溃问题仍然存在。有谁能帮我吗？

- Josh Burkart

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你是否安装了Fortran编译器之一，g77或gfortran？我没有安装，看到的情况与你看到的几乎相同 - 使用Anaconda安装。 - Fred Mitchell

是的，我已经安装了gfortran。 - Josh Burkart

稍微纠正一下，苹果提供的默认线性代数库“可以并行”运行得很好；问题是在 fork-without-exec 两边调用它们（我应该指出，没有什么真正好的理由去期望它会起作用）。 - Stephen Canon

这些指示对我有效：https://dev59.com/Hmgu5IYBdhLWcg3wRlL0#14391693 - Oriol Nieto

Answer 1

我不知道这两个链接是否有帮助：

https://github.com/obspy/obspy/wiki/Notes-on-Parallel-Processing-with-Python-and-ObsPy

使用numpy进行多进程处理会导致Python在OSX上意外退出

我记得在Mac论坛上看到过关于lapack/blas的内容，但是还没有找到，不过作者似乎知道她在说什么。

- Fred Mitchell

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谢谢，这帮助我找到了正确的答案，即安装OpenBLAS并在安装NumPy时手动编辑site.cfg文件（请参见[链接]（https://dev59.com/Hmgu5IYBdhLWcg3wRlL0））。 - Josh Burkart