R: read.table和缺失值处理

Question

当我在R中以tab分隔的格式加载我的数据文件时，出现以下错误消息:

Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec,  : line 3 did not have 5 elements

这里是我的数据：

KEY ID      code1   code2   name
1   sadsa   32423   344     ffsadsa
2   vdffsfs 21344   234     fsadfgg
3   3e4dsa  21321   #N/A    #N/A
4   dcxzc   23421   #N/A    #N/A
5   xzzcc   21223   124     erfsacf
6   sdas    21321   464     fsadfsa
7   assdad  32132   455     fsadfda

我可以看出错误是由于数据中的"#N/A"值引起的。我尝试了read.table选项，如na.strings或comment.char = "#"，但仍然无法解决。

在R中加载数据时有没有办法保留实际文本（#N/A），或者至少将其替换为N/A？

- CHONG

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在 read.table 中，您可以指定 na.strings = "#NA"。 - akrun

是的 @akrun。我尝试过这个->data = read.table("raw.dat"，header=TRUE，sep="\t"，stringsAsFactors=FALSE，quote = ""，row.names = NULL，na.strings = "#NA")。但仍然出现错误信息“Error in scan（file = file，what = what，sep = sep，quote = quote，dec = dec，：line 3 did not have 5 elements”。 - CHONG

如果出现 #N/A，则使用该特定值。我之前留言时遗漏了 / 符号。 - akrun

嗨@akrun。已更改为以下内容-> data = read.table("raw.dat", header=TRUE, sep="\t", stringsAsFactors=FALSE, quote = "", row.names = NULL, na.strings = "#N/A")。仍然是相同的错误信息。 - CHONG

你可能还需要设置参数 comment.char = ""，以防止 "#" 被解释为注释。 - Marius

Answer 1

您可以尝试使用read.table函数，并设置fill=TRUE参数。

read.table(file =file, sep = sep, fill=TRUE)

如果这不起作用，我建议尝试使用readLines函数而不是read.table。

readLines(...)

- Arno