使用Python实现置换检验，输入为置换次数。

Question

R是一个著名的库，用于排列测试，即perm。 我感兴趣的例子是这个：

 x <- c(12.6, 11.4, 13.2, 11.2, 9.4, 12.0)
 y <- c(16.4, 14.1, 13.4, 15.4, 14.0, 11.3)
 permTS(x,y, alternative="two.sided", method="exact.mc", control=permControl(nmc=30000))$p.value

哪些打印结果的p值为：0.01999933。 请注意，函数permTS允许我们输入置换次数= 30000。 Python中是否有类似的实现？

我正在查看Python的perm_stat，但这不是我要找的，并且似乎存在错误。

- pdubois

Answer 1

这是使用蒙特卡罗方法实现排列检验的可能方法：

def exact_mc_perm_test(xs, ys, nmc):
    n, k = len(xs), 0
    diff = np.abs(np.mean(xs) - np.mean(ys))
    zs = np.concatenate([xs, ys])
    for j in range(nmc):
        np.random.shuffle(zs)
        k += diff < np.abs(np.mean(zs[:n]) - np.mean(zs[n:]))
    return k / nmc

请注意，由于该算法具有蒙特卡罗方法的特性，每次运行得到的数字不会完全相同：

>>> xs = np.array([12.6, 11.4, 13.2, 11.2, 9.4, 12.0])
>>> ys = np.array([16.4, 14.1, 13.4, 15.4, 14.0, 11.3])
>>> exact_mc_perm_test(xs, ys, 30000)
0.019466666666666667

- behzad.nouri

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第二到最后一行应该是 ... diff <= ...。[1] - Jared Wilber