在R中调用OpenBUGS无法正常工作

Question

在R中调用OpenBUGS无法正常工作

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我一直在尝试运行一个使用OpenBugs的R代码。昨天它一直正常工作，但我不知道做了什么导致出现了一些错误。然后我决定看看是否能成功运行一些简单的示例。因此，我尝试了R2WinBUGS手册中提供的schools示例。

文件schools.txt中的模型为：

sink("schools.txt")
cat("
      model {
      for (j in 1:J)
      {
        y[j] ~ dnorm (theta[j], tau.y[j])
        theta[j] ~ dnorm (mu.theta, tau.theta)
        tau.y[j] <- pow(sigma.y[j], -2)
      }
      mu.theta ~ dnorm (0.0, 1.0E-6)
      tau.theta <- pow(sigma.theta, -2)
      sigma.theta ~ dunif (0, 1000)
    }",fill=TRUE)
sink()

运行程序的其余代码如下所示：

    data(schools)
 J <- nrow(schools)
 y <- schools$estimate
 sigma.y <- schools$sd
 data <- list ("J", "y", "sigma.y")

inits <- function()
{ 
  list(theta = rnorm(J, 0, 100), mu.theta = rnorm(1, 0, 100),sigma.theta = runif(1, 0, 100))
}

schools.sim <- bugs(data, inits, model.file = "schools.txt",parameters = c("theta", "mu.theta", "sigma.theta"),n.chains = 3, n.iter = 1000)

很不幸，我遇到了之前相同的错误。

 > schools.sim <- bugs(data, inits, model.file = "schools.txt",parameters = c("theta", "mu.theta", "sigma.theta"),n.chains = 3, n.iter = 1000)
    Error in sd(as.vector(ai)) : unused argument(s) (as.vector(ai))

我还尝试了指定program=c('OpenBugs')，但是这给了我另一个奇怪的错误，因为OpenBugs在路径中

     Error in bugs(data, inits, model.file = "schools.txt", parameters = c("theta",  : 
  unused argument(s) (program = c("OpenBugs"))

编辑

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: i386-w64-mingw32/i386 (32-bit)

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] parallel  stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] abind_1.4-0        rjags_3-9          R2WinBUGS_2.1-18   BRugs_0.8-0        R2OpenBUGS_3.2-2.1
[6] LearnBayes_2.12    coda_0.16-1        lattice_0.20-10   

loaded via a namespace (and not attached):
[1] boot_1.3-7    grid_2.15.2   plyr_1.8      stringr_0.6.2 tools_2.15.2

traceback() 给出...

> traceback()
No traceback available

EDIT-2

  > getAnywhere("sd")
2 differing objects matching ‘sd’ were found
in the following places
  .GlobalEnv
  package:stats
  namespace:stats
Use [] to view one of them`

我该如何删除我在 .GlobalEnv 中定义的 sd 变量？

编辑-3：

问题已解决。我从工作区中删除了 sd 对象，一切都正常了。

- Stat-R

是的，我尝试过了，但结果还是一样！ - Stat-R

sessionInfo()的结果是什么？traceback()呢？ - Ben Bolker

2

我认为你可能定义了一个奇怪的 sd 版本。getAnywhere("sd")$where 的结果是什么？它应该是 "package:stats" "namespace:stats"。如果你执行了 attach(schools)，那么会在你的工作空间中创建另一个名为 sd 的对象，但这不应该会导致问题，因为它不是一个函数... - Ben Bolker

感谢使用 getAnywhere。请参见 EDIT-2。 - Stat-R

谢谢。我知道rm命令，但我想知道是否有任何命令/函数可以从环境中删除一个对象。 - Stat-R

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1个回答

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- Ben Bolker · Answer 1

我认为你可能定义了一个奇怪的版本sd。 getAnywhere("sd")$where的结果是什么？它应该是"package:stats" "namespace:stats"。如果你执行了attach(schools)，我可以看到它会在你的工作区创建另一个名为sd的对象，但这不应该会导致问题，因为它不是一个函数。

解决方案：rm(sd)或rm("sd")（后者可能更好）