在R中抑制错误信息

Question

我正在使用R进行模拟研究。偶尔会出现错误信息。由于我将模拟研究实现在一个函数中，因此当出现错误消息时，模拟就会停止。我知道抑制错误是不好的做法，但目前对我来说没有其他选择，只能抑制错误，然后继续下一个模拟，直到我想要运行的总模拟次数。为了做到这一点，我必须抑制R产生的错误消息。

为了做到这点，我尝试了不同的方法：

library(base64)
suppressWarnings
suppressMessages
options(error = expression(NULL))

在前两种选项中，仅警告和消息被禁止，所以这没有帮助。如果我理解正确，在最后一种情况下，应该避免所有错误消息。但是，这并没有帮助，该函数仍会停止并显示错误消息。

有人有任何想法，为什么它不能按照我的期望工作吗？我在互联网上搜索了解决方案，但只能找到上述方法。在我运行模拟的功能中，代码的一部分由外部程序JAGS（Gibbs取样器）进行分析，并且错误消息由此分析产生。这可能是出错的地方吗？

请注意，我不必压制某个/特定的错误消息，因为没有其他错误消息产生，只需有一个可以禁止所有错误消息的选项即可。

感谢您的时间和帮助！

- Inga

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谢谢你的快速回答。我尝试使用try(simulation(x,y,z))（括号内是我的自定义函数），但也不起作用。我还尝试使用options(show.error.messages = FALSE)，但没有成功。 - Inga

如果您不向我们展示您的代码或具体错误，我们如何能够提供帮助呢？ - Carl Witthoft

Answer 1

如前一解决方案所建议的，您可以使用try或tryCatch函数，它们将封装错误（有关更多信息，请参见Advanced R）。但是，默认情况下，它们不会抑制将错误报告消息发送到stderr。

可以通过设置其参数来实现此目标。对于try，设置silent=TRUE。对于tryCatch，设置error=function(e){}。

示例：

o <- try(1 + "a")
>  Error in 1 + "a" : non-numeric argument to binary operator
o <- try(1 + "a", silent=TRUE)  # no error printed

o <- tryCatch(1 + "a")
> Error in 1 + "a" : non-numeric argument to binary operator
o <- tryCatch(1 + "a", error=function(e){})

- Megatron

Answer 2

抑制消息和抑制错误响应之间存在很大的区别。如果函数无法完成其任务，它必然会返回一个错误（尽管某些函数具有命令行参数，在出现错误时执行其他操作）。正如Zoonekynd建议的那样，您需要使用try或trycatch来“封装”错误，以便即使函数失败，您的主程序流也能够继续运行。

- Carl Witthoft

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感谢您的回复。我没有提供我的代码，因为它包含一个在for循环中调用另一个源中的函数的函数，因此代码非常长。此外，正如Carl Witthoft的答案所表明的那样，我的问题是一个误解：我认为我尝试的选项和函数（见上文）应该抑制对错误的响应。最终，对我有用的是使用try()调用发生错误的函数，然后从我调用该函数的for循环中使用下一个选项。 - Inga

@Inga：我有相同或类似的问题，但是我无法理解你的解决方案。如果您能提供一个最简示例来说明您的解决方案，那就太好了。 - giordano

当然。我在一个for循环中调用了一个函数-N-次。该函数进行了分析（JAGS），但有时会出现错误。为了防止这种情况，我将for循环调整为以下形式： for (i in 1:N){ results[[i]] <- try(Jags.Analysis(Npairs = Npairs...)if(class(results[[i]]) == "try-error") next - Inga

我没有意识到你只能在5分钟内编辑你的回复。代码的作用不是防止错误，而是使R不跳出for循环，而是在发生错误时从下一个迭代开始。因此，在N = 5次的for循环中，错误发生3次，只有2个分析结果将被保存。如果由于缺乏格式（或其他原因）语法不清楚，请告诉我！ - Inga

@Carl Witthoft: 在我的情况下，我会将错误打印到屏幕上，但是一切都运行正常（确实是一个非常奇怪的情况）。我能否以某种方式抑制这些错误，就像我可以通过options(warn = -1)抑制警告一样？我希望有像options(err = -1)这样的命令或类似的东西！这将有助于抑制消息，但不一定是响应。注意：对我来说，既不是options(error = expression(NULL))，也不是suppressMessages起作用。 - warship

@warship 没有看到你的代码，无法确定发生了什么。你可能想要发布一个新问题来描述你的具体问题，并提供一些可重现的代码和数据。 - Carl Witthoft