在R中抑制C警告信息

Question

我正在从与libsvm（一个C程序）接口的R包e1071中调用一个R函数。此函数将C（printf）警告消息传递到R控制台。我知道这是因为警告消息的格式为（warning：...），而R警告消息是大写字母（即Warning：...）。

我已经尝试了所有方法来消除R中的这些消息（sink，suppressWarnings，invisible），但似乎没有任何作用。

有什么想法？

谢谢！

- Michael

---

为什么这么模糊？你是通过R包与libsvm进行接口交互吗？还是在开发自定义工具？GCC是一个编译器，我怀疑运行时警告不是来自它，更可能是libsvm C代码中的printf。 - Mark

是的，e1071包 - 我认为你是对的，这些消息来自printf语句。我需要进入C代码并将其删除吗？还是我可以从R中做些什么？ - Michael

我也不记得在我的机器上安装过libsvm，我只是下载了R包。这是否意味着libsvm的源代码在R包中？ - Michael

我认为这与你最近的问题以及你其他最近的问题有关。尽量将它们放在同一个地方。 - nograpes

如果有帮助的话，打印消息的代码位于e1071软件包源文件中的src/svm.cpp文件中。 - Josh O'Brien

Answer 1

该函数使用 stdio 而不是 Rprintf/REprintf 或 warning，这就是为什么重定向 R 输出无法正常工作的原因。正确的解决方案是修复 libsvm 中的调用，改用 R 输出。

黑客攻击 stdio 输出是可能的 - 您可以将输出重定向到自己的管道并对其进行处理，但是 a) 这需要在 C 中进行一些工作，b) 这很危险，因为你需要在完成函数后恢复标准行为，即使它出错了，并且 c) 如果在 shell 上使用，它可能会与 R 输出交互。

如果您想要一个真正疯狂、肮脏但快速的解决方案，请在 multicore 中使用 collect(parallel(..., silent=TRUE))[[1]] 运行您的函数 - 它抑制了 stdout（如果您想抑制 stderr，可以添加 multicore:::closeStderr()）。

- Simon Urbanek