在rpy2中抑制警告

Question

当我在Python中使用rpy2导入R时，如何抑制警告？

似乎在R中，你只需要执行以下操作：

options(warn=-1)

...但我不熟悉R语言，我该如何在Python中实现这个功能？

- Ricky Robinson

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这些警告是在启动时导入R包引起的，还是在常规会话期间（例如某些R表达式）发出的？ - chl

后者是由我调用的一些函数生成的。 - Ricky Robinson

suppressWarnings() 可能是一个选项。 - chl

Answer 1

警告系统在 rpy2 中使用了Python的 warnings 模块。因此，您可以使用该软件包的 filterwarnings() 函数关闭警告。正如在这里对另一个答案的评论中已经指出的那样，这可能是危险的，因为不仅会影响与R相关的警告。

然而，rpy2带有自己的警告类 RRuntimeWarning。因此，您可以通过以下方式仅关闭此类型的警告：

import warnings
from rpy2.rinterface import RRuntimeWarning
warnings.filterwarnings("ignore", category=RRuntimeWarning)

- applesoup

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这应该是被接受的答案，因为它是“在R中抑制警告”的解决方案。被接受的解决方案行不通。 - Blairg23

Answer 2

从3.0版本开始，rpy2不再使用Python的warnings模块。相反，它现在依赖于logging。新方案如下：

from rpy2.rinterface_lib.callbacks import logger as rpy2_logger
import logging
rpy2_logger.setLevel(logging.ERROR)   # will display errors, but not warnings

如果你只想筛选特定的警告信息，请使用以下命令：

rpy2_logger.addFilter(lambda record: 'notch went outside hinges' not in record.msg)

请参阅LogRecord类规范以了解高级过滤器的可用字段。

- krassowski

Answer 3

你已经基本上自己回答了问题。你可以通过使用RPy从Python中调用options(warn=-1)函数：

rpy.r['options'](warn=-1)

对于RPy2，应该像这样（我还没有尝试过）：

rpy2.robjects.r['options'](warn=-1)

只需将它放在Python脚本的开头（模块导入后）即可抑制所有警告。

- Serrano

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似乎对于rpy2无效。显然，可以通过以下方式强制忽略： import warnings warnings.filterwarnings("ignore")， 但这样做并不优雅，因为它不仅影响rpy2警告。 - schmi