使用rpy2 eval表达式的指导

Question

我是R和rpy2的新手。我正在尝试移植以下示例：

library(MASS)  # for eqscplot  
data(topo, package="MASS")  
topo.kr <- surf.ls(2, topo)  
trsurf <- trmat(topo.kr, 0, 6.5, 0, 6.5, 50)  

关于rpy2。

到目前为止，我已经

import  rpy2.robjects as robjects
robjects.r('library(spatial)')  
f1 = robjects.r['surf.ls']  
x = robjects.IntVector([1,2,3])  
y = robjects.IntVector([1,2,3])  
z = robjects.IntVector([1,30,3])  
res = f1(2, x,y,z)  

我认为结果应该是res。然而，当我使用print（res.r_repr（））打印res时，得到的是一个无法评估的表达式。希望能得到帮助。

- Sandeep

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我不清楚"unable to evaluate"是什么意思。此外，您的rpy2代码与R代码不对应（surf.ls()的调用参数不同）。 - lgautier

另外，你为什么要同时加载rpy和rpy2？只需要使用from rpy2 import robjects，然后使用robjects.r和robjects.IntVector即可。 - user626998

“无法评估”意味着当我发出“print res1.r_repr()”时，我没有得到一个值数组。相反，res1包含一个r表达式。我的猜测是，需要发出一个命令来评估表达式以获取实际值。 - Kabira K

我现在并不担心实际参数，因为我更关注函数是否执行了某些操作并返回了结果。@Brandon：感谢您指出这一点，我已经修复了它。 - Kabira K

@Sandeep：调用print()的副作用是将文本打印到控制台；如果它返回一个值数组，我会感到不安。调用f1()的结果是res1，你的意思对我来说仍然是个谜（除了调用print()或'res'而不是'res1'）。 - lgautier

这里有一些混淆。surf.ls是一个应该返回值向量的函数。目前我没有看到那个。我尝试过res()，但这是非法操作（会出现错误，指出res不可调用）。我认为我们可以退后一步，问一下如何在rpy2中移植上述R代码。 - Kabira K

Answer 1

那么问题更多了：我如何将R列表转换为Python字典（与表达式求值几乎无关）。 使用rpy2-2.2.x（和2.3-dev）：

from rpy2.robjects.vectors import ListVector
# make an R list
l = ListVector({'a': 1, 'b': 'b'})

# get a Python dict out of an R list
dict(l.iteritems())

- lgautier

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它在我的2.1.9安装上可以工作。唯一的问题是，如果它们是IntVectors或FloatVectors，它不会将值转换为Python类型。类似dict（[(i，[k for k in j]) for i，j in res.iteritems（）]）的东西可以解开它，但那太复杂了。 - Mark

@Mark：不仅仅是厚度的问题；它只能处理一层嵌套。你可以有一个R列表，其中包含R列表...（你懂的），并且转换可能最短的编码方式可能是递归。如果您关心的只是将长度为1的向量转换为Python标量，那只需要在转换规则中指定即可（请参见http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/robjects_convert.html#a-simple-example）。 - lgautier

Answer 2

你的代码运行得很好。我认为你只是在访问结果方面遇到了一些困难。你的“res”对象实质上是一个R列表。我建议将其转换为相应的Python字典。

rListObj = {}
for key,val in zip(robjects.r.names(res),res):
  rListObj[key] = [i for i in val] #R Vector to List

结果为：

{'f': [1.0, 1.0, 1.0, -1.0, 0.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0, -1.0, 0.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0, 1.0, 0.0, 1.0], 'rx': [1, 3], 'ry': [1, 3], 'np': [2], 'beta': [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], 'r': [-1.7320508075688772, -1.6729239521451333e-16, -1.4142135623730951, -1.1547005383792512, -5.187907395343139e-17, -0.8164965809277259, -1.6729239521451333e-16, -1.4142135623730951, 3.415236843329339e-17, nan, -1.1547005383792512, -5.187907395343139e-17, -0.8164965809277259, nan, 0.0, -1.1547005383792512, -5.187907395343139e-17, -0.8164965809277259, nan, 0.0, 0.0], 'call': [<SignatureTranslatedFunction - Python:0xb7539dec / R:0xa686cec>, <IntVector - Python:0xb7534cac / R:0xa69e788>, <IntVector - Python:0xb7534d2c / R:0xa5f72f8>, <IntVector - Python:0xb7534c2c / R:0xa5f7320>, <IntVector - Python:0xb7534bac / R:0xa5f7348>], 'y': [1, 2, 3], 'x': [1, 2, 3], 'z': [1, 30, 3], 'wz': [0.0, 0.0, 0.0]}

我对一个相对较旧的rpy2版本（2.1.9）进行了测试，可能有更时髦的方法可以在更新的版本中实现。

- Mark

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谢谢Mark。这就是我所缺少的。 - Kabira K

@Mark：有更简单的方法可以做到这一点（已在2.2.x和2.3-dev上测试；它/可能/适用于2.1.x系列）。请参见下文。 - lgautier