knitr: 在 Rmd 文档中编织多个单独的 Rnw 文档

Question

我有一个主R Markdown文档（Rmd），我想在其中一个代码块中“编织”几个独立的 Rnw 文档（没有子文档）。但是，当我对 Rnw 文档调用 knit 时，似乎不会处理其中包含的 R 代码块，这导致在尝试运行 texi2pdf 时出现错误。

情况说明：

在主要的Rmd内部：

```{r my_chunk, echo=FALSE, message=FALSE, results='asis'}

... some code ...

knit("sub.**Rnw**", output = ..., quiet = TRUE)

tools::texi2pdf(tex_file)

... some code ...


```

这种情况需要进行其他配置吗？

- Martin Studer

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至少要向XLConnect致以敬意，因为它是一个非常好的编程工具。 - Brandon Bertelsen

不是很好的解决方案，但你可以通过从 .Rmd 调用新进程来完成：system("R -e \"knitr::knit('sub.Rnw')\"") - kohske

这里提供一个最小工作示例可能会有帮助。您想让最终文档包括从knit("sub.Rnw", ...)生成的输出，还是只是从单个主Rnw文件生成单独的pdf文件？ - Tyler

这个想法是从一个主Rmd页面生成单独的PDF。 - Martin Studer

如果您提供简短完整的Rmd和sub.Rnw文档，那么其他人调试您的问题会更加容易。如果只提供一个不完整的示例文件，那么我们就只能猜测您做了什么。 - Tyler

想要从.Rmd输出多个文档似乎有些奇怪。为什么不从主脚本输出您的文档，这将编织所有您的文档？ - Karl Forner

Answer 1

你不能直接做你尝试做的事情（在knit环境中调用knit），原因有以下几点：

1. Knitr模式已经设置。
   [ 在这种情况下是markdown模式，所以需要将模式设置为“rnw”模式。 ]
2. 解析块（在设置正确的模式之后）会将块标签添加到现有的一致性中，因此除非所有块都是唯一的，否则您将收到重复的块标签错误。
   [ 这就是为什么要使用knit_child的原因。 ]
3. 输出目标和其他选项已经设置，因此您需要完全新的knitr环境，或者保存、修改、还原所有相关选项。

也就是说，这似乎是完全符合预期的行为。

大致意思如下：

library(knitr)

files <- list.files( pattern = "*.Rnw", path = ".")
files

## [1] "test_extB.Rnw" "test_ext.Rnw"

for( f in files ) {
  system( paste0("R -e \"knitr::knit2pdf('", f, "')\"") )
}

list.files( pattern="*.pdf", path=".")

## [1] "test_extB.pdf" "test_ext.pdf"

根据提供的信息，调用Rscript或在循环中调用Rscript应该能解决问题，这本质上就是@kohske在评论中表达的意思。

- Thell