使用knitr在Rnw文档中编写SQL代码

Question

使用knitr在Rnw文档中编写SQL代码

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我在.Rmd文档中使用了以下的sql代码。然而，我想在.Rnw文档中使用相同的SQL代码。

```{r label = setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, max.print = NA)
```

```{r, echo=FALSE, results='hide'}
library(DBI)
db <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), dbname = "survey.db")
dbListTables(db)
```


```{sql, label = Q1, connection=db, tab.cap = "Table Caption"}
SELECT * 
  FROM Person;
```

希望能够获得代码格式化和输出打印功能。

- MYaseen208

不确定您是否已经看到了这个（也不知道它是否有帮助）：http://yihui.name/knitr/demo/engines/ - Frank

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谢谢@Frank提供的链接。我已经看过了，但它并不有用。 - MYaseen208

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我不确定我是否理解了问题 - 你是在寻找类似于这个的东西吗？ - CL.

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我认为你正在使用Sweave而不是knitr。请检查你的RStudio设置。此外，似乎在RNW文档中没有隐式的LIMIT，所以最好在查询中添加类似于LIMIT 10的内容。一旦这个问题解决了，我们就可以转向如何漂亮地格式化输出的问题... - CL.

我一旦弄清楚如何做到这两点，就会立即开始。;-) - CL.

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1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- CL. · Accepted Answer

将RMarkdown移植到RNW需要进行一些调整：

当然，需要调整代码块定界符：` ```{r, echo=FALSE}` 的RNW等效写法是 `< >=` ，RNW代码块以 `@` 结尾。(见最小化RNW示例)
重要的是，在RMarkdown文档中，代码块总是指定引擎，而在RNW中，默认为R引擎，除非设置了 `engine` 选项。因此， ` ```{r}` 简化为 `< <>>=` ，但 ` ```{sql}` 的等效写法是 `< >=`。
RMarkdown在嵌入SQL块时包括一些非常有用的技巧，请参见knitr语言引擎：在rmarkdown.rstudio.com上使用SQL。默认情况下，结果呈现为漂亮的表格，并且仅打印前10个结果。在RNW中，我们需要自己处理这个问题。

对于在RMarkdown中嵌入SQL，请注意必须通过 `connection` 选项将SQL连接传递给SQL块。选项 `output.var` 可用于指定将查询结果分配给的对象的名称。

一个简单的解决方案（请参见以前的版本）是将SQL结果分配给一个对象，例如 `res`，使用 `output.var`，并添加另一个R块，漂亮地打印 `res`，例如使用 `xtable`。但是，还有一种更优雅的方法，即使用hooks：

_{该示例使用sqlitetutorial.net的SQLite示例数据库。在运行代码之前，请将其解压缩到您的工作目录中。}

\documentclass{article}

\begin{document}
\thispagestyle{empty}
<<include=FALSE>>=
library(knitr)
library(DBI)

knit_hooks$set(formatSQL = function(before, options, envir) {
  if (!before && opts_current$get("engine") == "sql") {
    sqlData <- get(x = opts_current$get("output.var"))
    max.print <- min(nrow(sqlData), opts_current$get("max.print"))
    myxtable <- do.call(xtable::xtable, c(list(x = sqlData[1:max.print, ]), opts_current$get("xtable.args")))
    capture.output(myoutput <-do.call(xtable::print.xtable, c(list(x = myxtable, file = "test.txt"), opts_current$get("print.xtable.args"))))
    return(asis_output(paste(
      "\\end{kframe}", 
      myoutput,
      "\\begin{kframe}")))
  }
})

opts_chunk$set(formatSQL = TRUE)
opts_chunk$set(output.var = "formatSQL_result")
opts_chunk$set(max.print = getOption("max.print"))

@

<<echo=FALSE, results="hide">>=
db <- dbConnect(RSQLite::SQLite(), dbname = "chinook.db")
@

<<engine = "sql", connection=db, max.print = 8, xtable.args=list(caption = "My favorite artists?", label="tab:artist"), print.xtable.args=list(comment=FALSE, caption.placement="top")>>=
SELECT *  FROM artists;
@

\end{document}

新增了一个块钩子formatSQL。（当相应的块选项不为NULL时，块钩子会运行。）在使用engine="sql"的块后，它将 SQL 结果读入sqlData中。然后，它使用xtable打印结果的前max.print行。

默认情况下，激活块钩子formatSQL（即全局设置为TRUE），并将 SQL 结果存储在formatSQL_result中。块选项max.print控制要打印的行数（将其设置为Inf以始终打印所有行）。 xtable生成的表高度可定制。块选项xtable.args传递给xtable，print.xtable.args传递给print.xtable。在示例中，这些选项用于设置标题、标签，并禁止xtable的默认注释。

以下是生成的PDF。请注意，在RNW中对非 R 代码进行语法突出显示需要安装highlight并将目录添加到路径中（Windows）。