在reticulate虚拟环境中，出现了“Module 'scipy.sparse' has no attribute 'linalg'”错误。

Question

我已经编写好了一个在Python中完全按照我的预期工作的函数，但当我尝试在R中运行它时，我遇到了reticulate的问题。我已经排除了问题并将其缩小为这个问题。我在Python中有这个函数：

def get_largest_eigenvalue(inc_mat):
    eigen_val = scipy.sparse.linalg.eigs(inc_mat, k = 1)
    eigen_val = eigen_val[0] / inc_mat.shape[0]
    return eigen_val

基本上，这个函数接收一个csr_matrix并返回其最大特征值。它应该适用于任何csr_matrix。当我使用reticulate运行此代码时，我会出现错误，解决这个问题将解决我的更大问题。

在reticulate中运行此代码，您可以执行以下操作：

library(reticulate)
use_virtualenv("default")

我之前已经运行了这段代码在虚拟环境中安装scipy

virtualenv_install("default", c("scipy"))

我随后使用了

source_python("file_name.py")

为了加载我所有的Python函数，包括上面那个函数。我已经成功加载了所有其他函数，除了上面那个函数。当我尝试运行它时，会出现以下错误信息：

“py_call_impl(callable, dots$args, dots$keywords)中的错误： AttributeError: module 'scipy.sparse' has no attribute 'linalg'”

在这方面，我有些不知所措，我尝试过运行类似下面这样的代码：

virtualenv_install("default", c("scipy.sparse"))

但这会导致更多的错误，而且不起作用。非常感谢任何帮助！谢谢！

- Hugh Warden

Answer 1

将此明确的导入语句添加到您的代码中：

import scipy.sparse.linalg

仅导入scipy.sparse模块并不会自动导入linalg子模块。

- Warren Weckesser