Qstat和长作业名称
如何才能让qstat显示完整的作业名称？ 我知道qstat -r会提供有关任务的详细信息，但其中包括了太多资源需求等内容。 qstat -r的输出形式如下： 131806 0.25001 tumor_foca ajalali qw 09/29/2014 15:49:41 ...
如何在qsub中指定错误日志文件和输出文件
我有一个qsub脚本，如下： #####----submit_job.sh---##### #!/bin/sh #$ -N job1 #$ -t 1-100 #$ -cwd SEEDFILE=/home/user1/data1 SEED=$(s...
Segmentation fault 后空的核心转储文件
我正在运行一个程序，但是它被 Segmentation fault 中断了。问题在于，虽然创建了核心转储文件，但大小为零。 你听说过这种情况吗？怎么解决呢？ 我的磁盘上有足够的空间。我已经执行了 ulimit -c unlimited 来取消限制核心转储文件大小，无论是在运行时还是将其放置...
在SGE下从qsub命令中排除节点
我有超过200个任务需要提交到SGE集群。我将把它们提交到两个队列中。其中一个队列有一台机器，我不想提交任务到那里。如何排除那台机器？我找到的唯一可能有用的东西是（假设q1有三个有效节点可用，q2的所有可用节点都是有效的）： qsub -q q1.q@n1 q1.q@n2 q1.q@n3 q...
Sun Grid Engine 完成的作业信息
有没有办法使用qstat或其他SGE命令列出执行Sun Grid Engine作业的节点？ 我必须使用Python脚本获取这些信息。我已经弄清楚了如何从Python执行SGE命令，但我没有找到列出特定作业的执行节点的解决方案。我尝试过使用以下方式列出已完成的作业： qstat -s z -...
在SGE中按编号和名称请求节点
在SGE作业提交时，如何请求节点数（而非处理器数）？ 例如，在TORQUE中，我们可以指定qsub -l nodes=3 在SGE中，如何按节点名称请求节点？ 例如，在TORQUE中，我们可以这样做：qsub -l nodes=abc+xyz+pqr，其中abc、xyz和pqr是主机名 ...
在SLURM中运行二进制文件而无需顶级脚本
在SGE/PBS中，我可以像在本地一样提交二进制可执行文件到集群。例如：qsub -b y -cwd echo hello 我想提交一个名为echo的作业，它会将单词"hello"写入其输出文件。我该如何向SLURM提交类似的作业？SLURM要求在文件的第一行具有hash-bang解释器。在S...
如何列出SGE集群上的所有节点？
我正在尝试列出集群上的所有节点，但不知道命令是什么。我搜索了一下，如果使用qhost命令可以列出部分节点。有没有办法列出所有节点？
QSUB：在作业数组中为每个任务指定输出和错误文件
希望这不是重复的问题，也不仅仅是我们集群配置的问题... 我正在使用以下命令将作业数组提交到集群中：qsub。 qsub -q QUEUE -N JOBNAME -t 1:10 -e ${ERRFILE}_$SGE_TASK_ID /path/to/script.sh 在哪里 ERR...
如何删除一系列作业？
我想删除一系列具有连续ID的作业，例如：qdel。 qdel 18280 18281 18282 18283 18284 18285 假设我有一个像这样的连续ID列表。显然，我不想手动输入它们所有。有更简单的方法吗？