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数据集的自动文档化

我目前正在一个项目中工作,其中我一直在从许多不同的来源慢慢积累大量不同的变量。作为一个比较聪明的人,我为每个变量创建了一个不同的子目录,在主目录“original_data”下,并包括了一个.txt文件,其中包含了我获取数据的URL和其他描述。但是,作为一个不够聪明的人,这些.txt文件没有结...

21得票3回答
Roxygen的好参考资料是什么?

除了这个优秀的回答、Roxygen 手册和精选文章外,是否有特别详尽的Roxygen使用指南?

20得票1回答
使用roxygen文档添加图片

在由roxygen生成的文档中包含图像是否可行?我有很多函数本质上是ggplot()的包装器,我想通过展示输出示例来记录它们。

18得票2回答
使用Roxygen进行R文档编写?

我发现R文档的创建和维护很重要,但也很耗时。有人用过Roxygen吗?如果用了,它是否有助于维护R包?我以前用过Doxygen,但那些项目没有R包所需的man结构。 您可以在此处找到vignette。

17得票3回答
在for循环中生成Markdown注释

我希望能够使用knitr根据一个包含for循环的R脚本生成HTML报告。我想从for循环内的注释中生成markdown注释,但我不确定是否可能。 这里是一个简单的例子,在test.R文件中:for (i in 1:5) { ## This is a heading for `i` ...

14得票3回答
如何使用Roxygen来记录包含相同名称函数的R软件包?

我正在学习使用roxygen。我看到rd vignette提倡使用"_PACKAGE"来表示我正在创建包文档,并说:“如果已经有一个名为pkgname()的函数,这也可以工作。” 我还看到了R packages book的方法: NULL 在指定了@docType和@name的情况下尝...

14得票1回答
如何使用Roxygen2添加类专属的别名而不是通用的别名?

一个简单的例子是,我创建了一个扩展 show 的 S4 基础方法。我不想通过重新记录 show 来引起歧义分支,并且我还想通过为新类 myPkgSpClass 添加别名 show,myPkgSpClass-method,将我的扩展文档整合到 show 的文档中。#' @export #' @a...

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R: roxygen2,导入的包未出现在命名空间中

我有一个文件:import_packages.r,它在我的项目中,包含以下内容:#' @import reshape2 #' @import ggplot2 #' @import DESeq2 #' @import geneplotter #' @import survcomp #' @imp...

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如何在R帮助文件/roxygen2中交叉引用方程

我正在为我创建的一个R软件包记录一些函数。 我正在使用roxygen标记,但这与我的问题大部分无关。 我已经在文档中使用\deqn{...}放置了方程。我的问题是: 是否有办法后来引用这个方程? 例如,在我的Rd文件中:\deqn{\label{test} y = mx + b } 我之后可...

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Roxygen认为我写的一个函数是S3方法,所以在安装我的包时出现了错误。

我正在使用roxygen来创建自己的包。 我有一个函数会引起问题: ##' extract.sig.metadata ##' @param foo bar ##' @author me ##' @export extract.sig.metadata <- function(foo){...