R: roxygen2，导入的包未出现在命名空间中

Question

R: roxygen2，导入的包未出现在命名空间中

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我有一个文件：import_packages.r，它在我的项目中，包含以下内容：

#' @import reshape2
#' @import ggplot2
#' @import DESeq2
#' @import geneplotter
#' @import survcomp
#' @import gplots
#' @import pheatmap
#' @import RColorBrewer

当我执行devtools:document()命令时，这些包不会显示在NAMESPACE文件中，实际上它们也没有被导入。我做错了什么吗？

- Alina

2

有时候删除 NAMESPACE 文件可以帮助强制重新创建该文件。 - drmariod

1

@drmariod没有帮助。包仍然未出现在NAMESPACE中。 - Alina

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Stibu · Accepted Answer

如果您的文件仅包含您提供的行，则roxygen2将忽略它。您应该在roxygen代码之后添加一行，只包含NULL。因此，以下内容应该有效：


如果您的文件仅包含您提供的行，则roxygen2将忽略它。您应该在roxygen代码之后添加一行，只包含NULL。因此，以下内容应该有效：

#' @import reshape2 ggplot2 DESeq2 geneplotter
#' @import survcomp gplots pheatmap RColorBrewer
NULL

我还缩减了要显示的行数，以便向您展示如何使用单个@import导入多个软件包。但是对于roxygen而言，无论您将软件包分布在多少行中都没有关系。

我认为这是因为roxygen部分必须与某些R对象相关联。例如，函数的文档将与相应的函数对象相关联。由于您不希望导入与函数相关的内容，因此可以将其与NULL相关联，这也是一个R对象。

正如hadley所指出的那样，不建议完全导入那么多软件包，因为可能会出现名称冲突。通常有以下两个更好的选择：

使用显式软件包名称和::运算符引用函数：reshape2::melt()，这样做的额外优点是您可以立即看到函数来自哪个软件包。
只从软件包中导入所需的函数，使用@importFrom：
```
#' @importFrom reshape2 melt cast
```

您可以在这里找到更多信息。