如何解决在conda代理配置中出现的错误？
我正在尝试在Ubuntu上安装Rdkit，但我在conda配置方面遇到问题。 我已经在我的台式机上重新安装了anaconda3和python3版本，并从头开始安装。 当我运行命令：conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit 时，我遇到了这个错误：...
如何从SMILES分子表示生成一个图形？
我有一组由SMILES字符串表示的分子数据集，我想将其表示为图形。有没有办法这样做？例如，假设我有一个字符串CC(C)(C)c1ccc2occ(CC(=O)Nc3ccccc3F)c2c1，是否有一种通用的方法将其转换为图形表示，即邻接矩阵和原子向量？我看到有关从图形获取SMILES的问题（链接...
RDKit：如何检查分子的精确匹配？
我正在使用RDKit并尝试检查分子是否完全匹配。在使用Chem.MolFromSmiles()后，表达式m == p显然无法得到所需的结果。当然，我可以检查p是否是m的子结构，以及m是否是p的子结构。但对我来说，这似乎太复杂了。我在RDKit文档中找不到或忽略了精确匹配的代码示例。请问我该如何...
SMILES从图中生成
有没有一种方法或包可以将图形（或邻接矩阵）转换为SMILES字符串？ 例如，我知道原子是[6 6 7 6 6 6 6 8] ([C C N C C C C O])，邻接矩阵是：[[ 0., 1., 0., 0., 0., 0., 0., 0.], [ 1., 0., 2....
使用Anaconda安装RDKit出现问题
我正在尝试在我的Windows 7系统上使用Anaconda和Python 2.7来运行rdkit。我一直在按照http://www.rdkit.org/docs/Install.html的说明进行操作。 conda create -c https://conda.anaconda.org/...
如何使用pip从Conda安装rdkit包？
我正在尝试使用pip3安装rdkit，但是无法成功。 sudo pip3 install rdkit Error: Could not find a version that satisfies the requirement rdkit (from versions: ) No matc...
Windows和Python3.7.4下的RDKit安装
如果不涉及到安装问题，RDKit将是一个非常优秀的包。然而在stackoverflow上，有很多关于RDKit安装问题的提问，这些问题通常出现在不同的操作系统或者环境中。 我的配置如下： Win10系统，Python 3.7.4版本，已经安装了pip，已经设置好了PATH和PYTHONPAT...
RDKit：如何显示分子的原子数
你好1，我尝试使用rdkit包在Jupyter Notebook中显示分子的原子编号，导入了"import IPython.core.interactiveshell"、"import InteractiveShell"和"from rdkit.Chem.Draw import Drawing...
Morgan指纹RDKit
在一个示例中，我意识到使用rdkit计算分子的摩根指纹至少有两种方法。但是，在两种方法中完全相同的属性下，我得到了不同的向量。我错过了什么吗？ 第一种方法： info = {} mol = Chem.MolFromSmiles('C/C1=C\\C[C@H]([C+](C)C)CC/C(C...