Jupyter + rpy2 输出到命令提示符而非笔记本单元格

Question

问题描述

每当在Jupyter notebook中加载rpy2时，使用%%R单元格魔法执行的R代码会打印在命令提示符中而不是notebook单元格中。但图表在notebook中可以正常显示。

我还注意到%R行内魔法工作正常，代码按预期在单元格中打印。

安装步骤

1. Python 2.7.11 :: Anaconda 2.5.0 (64位)
2. notebook 4.1.0通过pip安装
3. R 3.3.1 (x64) 位于Program Files中
4. rpy2-2.7.8-cp27-none-win_amd64.whl通过pip安装
5. PATH路径:
   • R_USER = C:\Users\myusername
   • R_HOME = C:\Program Files\R\R-3.3.1
   • 添加了C:\Program Files\R\R-3.3.1\bin\i386

- jodoox

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我不知道，对我来说在Mac上运行得很好。你能展示一下你用于激活rmagic的确切命令吗？否则，可能是Windows的问题。 - Noah

我调用 %load_ext rpy2.ipython，然后在单元格顶部添加 %%R。 - jodoox

是的，那就是我所做的，而且对我有效。你可以尝试在rpy2的bitbucket网站上提交错误报告。 - Noah

你解决了吗？ - pceccon

很遗憾，没有... - jodoox

参考bug报告页面在这里：https://bitbucket.org/rpy2/rpy2/issues/506/rpy2-cell-magic-on-jupyter-notebook - lgautier

Answer 1

你可以使用RWinOut Jupyter扩展。以下安装说明摘自GitHub页面：

你可以在Jupyter笔记本单元格中运行以下curl命令，将文件下载到您的工作目录中。您也可以手动下载并将其放在那里。

!curl -O "https://raw.githubusercontent.com/vitorcurtis/RWinOut/master/RWinOut.py"

一旦它在您的工作目录中，您可以将脚本顶部的%load_ext rpy2.ipython替换为%load_ext RWinOut。然后，您应该能够像正常情况下一样查看包含%%R魔法的单元格的输出。 这不是完整的解决方案，但它是一个可能实现相同效果的解决方法。我不确定这是否会破坏某些功能，但对我来说似乎运行得很好。 已测试： - Windows 10 v.1809 Build 17763.503 - Python 3.7.2 - R 3.6.0 - rpy2 2.9.5 另一个选择是使用Windows子系统 for Linux并从那里启动Jupyter笔记本电脑。如果您必须在不同的环境中重新安装许多R和Python软件包，则可能不是理想的选择，但这将使输出正确打印，而无需使用此hacky解决方法。

- Mihai Chelaru

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在Windows中运行Linux可能是一个长期的解决方案。rpy2的开发版本（未来的rpy2-3.1.0）具有Windows的初步初始化代码，但据我所知，没有人对其进行过测试。 - lgautier