在R中使用循环批量绘制多个文件

Question

我有5个名为"1.txt"，"2.txt"，...，"5.txt"的标签文件。每个文件都包含一个名为"x"的列和另一个名为"y"的列。 我想应用循环来生成每个文件的图，并将图重定向到相应的输出pdf文件，分别称为"1.pdf"，"2.pdf"等。 这是我尝试过的，但我想PDF部分可能存在问题：

files<-list.files(pattern=".txt")
for (input in files){
   output<-basename(file.path(input,fsep=".txt"))     # input files are in working directory
   graph<-read.table(input,header=T)
   pdf('output.pdf')
   plot(graph$x,graph$y)
   dev.off()
} 

它只生成名为“output.pdf”的第一个图表。

我该如何在pdf函数中提到变量“output”？

感谢您的帮助！

- lqdo2000

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我不确定你是否建议使用粘贴，因为我的文件名为“1”，“2”，“3”，“4”，“5”。我提到这些名称只是作为示例。我的意思是将输出文件与相应的输入文件具有相同的前缀命名。 - lqdo2000

我的建议与你特定文件的具体名称无关，它只是解决这个问题所需的工具。 - joran

让我们思考一下：output包含您希望重用的输入文件名部分。我们必须向pdf()传递一个字符值来命名文件。paste允许我们将几个字符串组合成一个字符串... - joran

Answer 1

在增加教学术语的情况下，Joran想表达的是您当前的函数会覆盖您的output.pdf五次。我希望你能学会自己捕鱼。您必须向pdf()传递一些内容以生成五个唯一的文件。类似以下内容可能有所帮助：

files <- list.files(pattern=".txt")
for (input in files){
   output <- basename(file.path(input,fsep=".txt")) 
   graph  <- read.table(input,header=T)
   pdf(paste0("output for ", input,".pdf"))
   plot(graph$x,graph$y)
   dev.off()
} 

- Eric Fail

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快要成功了。我尝试了很多组合。最好的是当我用 pdf(paste0(output,".pdf")) 替换时，它生成了文件，但 ".txt" 扩展名仍然存在（"1.txt.pdf"）。我尝试修改 file.path 函数，但没有任何变化。它还返回 Error in read.table(input, header = T) : more columns than column names。我也尝试使用 paste 而不是 paste0，但结果相同。图表是正确的！ - lqdo2000

要去掉“.txt”使用：output_notxt = sub(".txt", "", output)，这实际上是将“.txt”替换为空字符串。 - Paul Hiemstra

@lqdo2000 basename 运行良好。它“删除所有路径，包括最后一个路径分隔符（如果有的话）”。它的文档没有提到删除文件扩展名。 - joran

@lqdo2000，我同意joran的看法，你需要阅读文档。 - Eric Fail