使用R语言的层次聚类生成一个热力图，用于显示数据集中的聚类。

Question

我正在尝试对由蛋白质DNA相互作用构成的数据集进行聚类，并生成一个热图，以显示结果数据，使数据在对角线上排列。我能够对数据进行聚类并生成该数据的树状图，但是当我使用R中的heatmap函数生成数据的热图时，聚类不可见。如果您查看前两个图片，其中一个是我能够生成的树状图，第二个是我能够生成的热图，第三个只是一个聚类热图的示例，展示了我大致期望的结果。从比较第二和第三张图片可以看出，第三张图片中有聚类，而第二张图片中没有。这是我的数据集链接：http://pastebin.com/wQ9tYmjy 我能够在R中对数据进行聚类并生成图像：

args <- commandArgs(TRUE);

matrix_a <- read.table(args[1], sep='\t', header=T, row.names=1);

location <- args[2];

matrix_d <- dist(matrix_a);

hc <- hclust(matrix_d,"average");

mypng <- function(filename = "mydefault.png") {

png(filename)

}

options(device = "mypng")

plot(hc);

我同样也能够生成热力图：

matrix_a <- read.table("Arda_list.txt.binary.matrix.txt", sep='\t', header=T, row.names=1);

mtscaled <- as.matrix(scale(matrix_a))

heatmap(mtscaled, Colv=F, scale='none')

我尝试按照Christopher Bare的帖子http://digitheadslabnotebook.blogspot.com/2011/06/drawing-heatmaps-in-r.html进行操作，但是我似乎漏掉了什么。任何想法都将不胜感激。我附上了我得到的热图和树形图像，第三张图片来自Christopher Bare的帖子。谢谢。

- Alos

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那么你可以对数据进行聚类，生成热力图...问题到底在哪里？ - Paul Hiemstra

嗨，保罗，当我生成热图时，数据没有聚类。我似乎能够生成聚类数据的树形图，并且可以生成数据的热图，但是当我生成热图时，数据没有聚类。 - Alos

请提供一个可重现的示例，并包括聚类和热图的输出。从示例和输出中，您需要向我们展示您期望的内容以及为什么得到的结果是错误的。 - Paul Hiemstra

嗨，保罗，问题在于我期望看到清晰的聚类，但实际上并没有得到。后来发现我应该通过Pearson或其他方法运行我的数据以生成良好的距离值。一旦我这样做了，我就能在数据中看到聚类了。 - Alos

@PaulHiemstra 我已经尝试回答了你的所有评论，请让我知道如果还是不清楚。谢谢。 - Alos

我无法确定你的结果是否好，因为我不知道你的数据。我要求澄清是因为你的问题不够清晰。 - Paul Hiemstra

Answer 1

事实证明，我应该先使用一些与我的数据相关的相关性来生成距离矩阵。 我使用Pearson计算了矩阵上的相似度值，然后调用了堆栈图函数，这样更容易聚类数据。 一旦我能够生成聚类，我就使它们排列在对角线上。 上面是现在的结果。 我必须修改如何在数据集上调用heatmap，以便将聚类对齐到坐标轴：

heatmap(mtscaled, Colv=T,Rowv=T, scale='none',symm = T)

- Alos