按创建顺序读写HDF5文件

Question

按创建顺序读写HDF5文件

c++parallel-processinghdf5

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我正在使用HDF5文件对C++类数据进行一种“序列化”。有没有一种方法可以遍历HDF5文件，按照创建顺序访问每个数据集？

我选择HDF5是因为我需要从程序外部访问数据，并能够恢复程序状态。

谢谢！

- ja.abell

但是，HDF5文件具有分层结构（这就是H的含义），除非您设计文件以包含该信息（明确或隐含地），否则它不会包含有关其内容编写顺序的信息。如果您以这种方式设计文件，那么您的问题肯定得到解决。 - High Performance Mark

谢谢HP Mark。我理解HDF5的分层结构，所以这是我想到的一些内容。不过，我在想是否有可能在不添加额外元数据的情况下按创建顺序访问_group_（现在缩小了范围）的元素，这将是很好的。看起来我必须写出那些属性。 - ja.abell

可能取决于组的crt_order_flags设置。 - embert

我会调查一下。谢谢！ - ja.abell

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- ja.abell · Accepted Answer

对我来说，能够按照创建顺序遍历数据集组（及其子组）就足够了。为了实现这一点（正如embert上面所说），文件中的组必须使用设置了H5P_CRT_ORDER_TRACKED | H5P_CRT_ORDER_INDEXED标志的方式进行创建。也就是说，调用：

hid_t group_creation_plist;
group_creation_plist = H5Pcreate(H5P_GROUP_CREATE);
status = H5Pset_link_creation_order(group_creation_plist, 
                                 H5P_CRT_ORDER_TRACKED | H5P_CRT_ORDER_INDEXED);

然后使用以下命令创建组：

hid_t group_id;
group_id = H5Gcreate(id_file, 
                     "/mydata", 
                     H5P_DEFAULT, 
                     group_creation_plist, 
                     H5P_DEFAULT);

将所有数据添加到新组中。要按照排序创建顺序遍历组，必须使用H5Literate函数，并确保将index_type参数设置为H5_INDEX_CRT_ORDER。

    status = H5Literate (group_id, 
                         H5_INDEX_CRT_ORDER, // Note this argument
                         H5_ITER_INC, 
                         NULL, 
                         op_func,
                     (void *) &od);

重要的是从组开始迭代，而不是从根开始。我无法让根组保持链接创建的顺序。解决方法就是在根处创建一个带有适当标志的组。

使用H5Literate有些棘手，特别是如果想要递归遍历子组。可以在这里和文档中找到一个很好的例子。